En el año 229 a.C., el Imperio Romano arrebató las tierras a los nativos ilirios de Croacia; en el año 285 d.C., el emperador Diocleciano construyó la fortaleza de Split, hoy una de las más apreciadas ruinas romanas del este de Europa. La caída del Imperio Romano Occidental se produjo en el siglo V, y alrededor del año 625 tribus eslavas migraron a Croacia desde la actual Polonia. La tribu croata, que llegó a lo que hoy conocemos como Croacia, ocupó las antiguas provincias romanas de la Croacia dálmata y la Croacia panonia, al Noreste. Las dos comarcas se unieron en 925 formando un único reino que floreció en el siglo XII.
Una invasión tártara devastó Croacia en 1242. En el siglo XVI, como consecuencia de la amenaza turca de invadir los Balcanes, Croacia acudió a los Habsburgo de Austria en busca de protección, y estuvo bajo su influencia hasta 1918. Paralelamente, la costa dálmata fue tomada por Venecia a principios del siglo XV, que la mantuvo hasta el siglo XVII, cuando la Francia napoleónica se hizo con ella para incorporarla a las provincias ilirias, junto con Istria y Eslovenia.
La vida cultural y política croata experimentó un renacimiento en 1835: se liberó a los esclavos y el norte pasó a estar gobernado por Hungría, que le otorgó autonomía interna. Cuando el Imperio Austrohúngaro fue vencido en la I Guerra Mundial, Croacia pasó a formar parte del reino de los serbios, croatas y eslovenos, nombre que fue reducido a Yugoslavia en 1929. Los nacionalistas croatas no aceptaron el nombramiento de Belgrado como capital de la unión y, con la ayuda de los separatistas macedonios, prepararon el magnicidio del rey Alejandro I en 1934 en señal de protesta.
En 1941 Alemania invadió Yugoslavia y estableció en Croacia un gobierno títere fascista (el Ustasa) que intentó expulsar a los serbios de Croacia; al fracasar, implantó la limpieza étnica asesinando a 350.000 serbios, judíos y gitanos. Parte de los croatas discrepaban de esta política, y muchos se unieron a los partisanos comunistas para derrotar al Ustasa. Al término de la contienda alrededor de un millón de personas habían muerto en Croacia y Bosnia-Herzegovina.
Tras el conflicto bélico, Croacia consiguió la condición de república dentro de la Federación Yugoslava que gobernaba el mariscal comunista Tito. Al aventajar económicamente a las repúblicas del Sur, exigió más autonomía e impuso más obligaciones a sus residentes en la década de 1970. Cuando murió Tito en 1980 se instituyó un incoherente sistema político que consistía en la rotación anual de la presidencia entre las repúblicas, lo que sumió a la próspera economía croata en una profunda recesión.
A finales de los ochenta, la dura represión de la mayoría albana en la provincia serbia de Kosovo generó un temor hacia Serbia, que trataba de imponerse al resto de la Federación. Al tiempo que los gobiernos comunistas caían en Europa del Este, los croatas iniciaron una campaña para conseguir su autonomía y el final del comunismo. En 1990 la Unión Democrática Croata de Franjo Tudjman venció en los comicios. Se escribió una nueva constitución que cambió la situación de los serbios en Croacia; pasaron a ser una «minoría nacional» en lugar de una «nación integrada». En la nueva constitución no se garantizaban los derechos serbios, y muchos de ellos perdieron sus trabajos gubernamentales.
En junio de 1991 Croacia declaró su independencia de la Federación, y el enclave serbio de Krajina se declaró asimismo independiente de Croacia. Se desató una cruenta lucha en todo el país y el Ejército Popular Yugoslavo, dominado por los comunistas serbios, intervino a favor de los mismos. Cuando empeoró la situación Croacia accedió a suspender su declaración de independencia durante tres meses. Sin embargo, la lucha continuó y una cuarta parte del país cayó en manos de la milicia serbia y del ejército federal. En octubre de 1991 el ejército federal avanzó hacia Dubrovnik y bombardeó el palacio presidencial de Zagreb, dando comienzo a las sanciones de la Unión Europea contra Serbia. En noviembre los serbios pasaron a controlar Vukovar después de un asedio de tres meses. En medio año diez mil personas habían fallecido, cientos de miles habían abandonado el país y decenas de miles de casas habían sido destruidas.
Después de varios intentos infructuosos de alto el fuego en enero de 1992, la ONU desplegó una fuerza de protección en la Croacia ocupada por los serbios. El ejército federal la abandonó, y en mayo del mismo año fue admitida en las Naciones Unidas después de modificar su constitución para proteger a los grupos minoritarios y los derechos humanos. Los paramilitares serbios mantuvieron el poder en Krajina y, en enero de 1993, Croacia lanzó un ataque en la zona. Krajina respondió declarándose república independiente y reduciendo su población croata en un 98%. En 1994 Krajina firmó un alto el fuego, pero en mayo de 1995 volvió a estallar la violencia. Krajina perdió el apoyo de Belgrado, las tropas croatas invadieron la zona y, en consecuencia, 150.000 serbios huyeron, muchos de ellos dejando atrás los hogares en los que habían vivido sus antepasados durante siglos.
Los acuerdos de Dayton de diciembre de 1995 proporcionaron finalmente una relativa estabilidad al país y permitieron al gobierno encargarse de la situación de desempleo de los ex soldados, el alojamiento para los croatas desplazados y su infraestructura, seriamente dañada.
El presidente Franjo Tudjman murió en diciembre de 1999 y un mes más tarde su partido, la Unión Democrática Croata, que había gobernado desde 1990, fue derrotado por una coalición de centro-izquierda. El carismático y práctico Stipe Mesic fue elegido presidente. El nuevo gobierno ha prometido mejorar las relaciones internacionales, la libertad de prensa, la la economía y reducir el historial de atrocidades contra los derechos humanos que posee el país. En las elecciones de 2005, Stjepan Mesic fue reelegido.
Jadranka Kosor, antigua periodista y política croata, asume el cargo de primera ministra de Croacia después de la dimisión por sorpresa de Ivo Sanader. Al prepararse para acceder al puesto de primer ministro declaró que sus prioridades serán superar la crisis económica y acceder como miembro a la Unión Europea y combatir la corrupción. Después del voto del parlamento croata, el 6 de julio de 2009 se convierte en la novena primera ministra de la república desde su independencia en 1991.