Los cazadores nómadas llegaron a la Dinamarca post-glaciar en busca del liquen y el reno. Aunque este último terminó emigrando más al Norte, los daneses de la Edad de Piedra se quedaron en el país y abandonaron su nomadismo para cultivar el campo, guardar a sus animales en zonas valladas y enterrar a sus muertos en curiosas tumbas verticales. La técnica y el arte florecieron en la Edad de Bronce; hacia el año 1800 a. C. abrieron nuevas rutas comerciales hacia el Sur y enterraban sus más bellos productos en las zonas pantanosas como ofrendas. A partir del año 500 a. C., se empezó a utilizar el hierro, incluso en los hogares, lo que dio lugar al desarrollo de grandes comunidades agrícolas. La Dinamarca actual puede seguir las huellas de sus raíces lingüísticas y culturales en el período en que la región estaba poblada por los daneses, una tribu que se cree que emigró del sur de Suecia alrededor del año 500 a. C.
A finales del siglo IX, un grupo de guerreros dirigidos por el jefe vikingo noruego Hardegon conquistó la península de Jutlandia. La monarquía danesa se remonta al hijo de Hardegon, Gorm el Viejo, que fundó la dinastía de Jutlandia a principios del siglo X. Harald Blatland, Diente Azul, descendiente de Gorm, finalizó la conquista de la tribu de los daneses, acelerando su conversión al cristianismo. Los sucesores de Diente Azul, Forkbeard e hijos, obtenían la madera de Inglaterra, estableciendo así una relación de comercio y corona, y disfrutando de la dulce vida de los monarcas anglo-daneses durante medio siglo, hasta que el poder vikingo se debilitó y el reino danés volvió a reducirse a las fronteras de Dinamarca.
Las disputas maquiavélicas, las conspiraciones, las contramaniobras y los asesinatos marcaron el período medieval. A finales del siglo XIV, las dinastías advenedizas se casaban entre sí y, bajo el mandato de la reina Magrethe, terminaron formando la Unión de Kalmar. Sin embargo, Dinamarca, Noruega y Suecia, juntas en el mismo barco tras esta unión, no tardarían mucho en mostrar desavenencias. Suecia estaba especialmente furiosa por la forma en que Dinamarca despilfarraba el dinero en guerras, con lo que la unión terminó disolviéndose en 1523, cuando en Suecia salió elegido como rey Gustavo Vasa. Noruega, no obstante, permanecería bajo dominio danés otros tres siglos.
Durante el siglo XVI, la Reforma religiosa barrió el país, dejando a su paso iglesias quemadas y una guerra civil. La lucha finalizó en el año 1536, con el derrocamiento del poder de la iglesia católica y el establecimiento de una iglesia luterana danesa, encabezada por la monarquía. El rey Cristián IV gobernó Dinamarca durante la primera mitad del siglo XVII, minando el fantástico comercio y la riqueza del país al embarcarse en la desastrosa guerra de los Treinta Años con Suecia. Dinamarca perdió tierras y dinero. Pero aún más desastrosas fueron las pérdidas en las que Suecia incurrió algunas décadas más tarde por culpa del sucesor del rey Cristián, el rey Federico III. Dinamarca fue recuperándose poco a poco de estas guerras, centrándose en el desarrollo civil y en las reformas.
Mientras duraron las guerras napoleónicas, los estados del Báltico (Dinamarca, Suecia, Rusia y Prusia) se unieron contra Gran Bretaña, la cual lanzó dos ataques contra Copenhague que, en 1801, produjeron graves daños a la flota danesa y, en 1807, dejaron gran parte de la ciudad en llamas. Los suecos aprovecharon entonces la debilidad danesa y consiguieron que ésta les cediera Noruega. El siglo XIX podría haber empezado mal y, además, podría haber estado dominado por Napoleón, ese pequeño francés de gran ego, pero para la década de 1830 Dinamarca había despertado a la revolución cultural en las artes, filosofía y literatura. El desarrollo de un movimiento democrático en el país dio lugar a la adopción de una Constitución el 5 de junio de 1849, que a su vez tuvo como resultado la formación de una monarquía constitucional danesa. Alemania se hizo con el control de la región de Schleswig, en el sur de la península de Jutlandia, tras lo cual sus habitantes, de herencia tanto danesa como alemana, se revelaron contra la Constitución.
En la I Guerra Mundial, Dinamarca se declaró neutral y se reafirmó en su posición cuando estalló la II Guerra Mundial. Sin embargo, pese a la existencia de un tratado de no agresión, el 9 de abril de 1940, Alemania invadió Dinamarca. Durante tres años, los daneses pudieron conservar cierto grado de autonomía, tras los cuales los alemanes tomaron el control. Aunque en la isla de Bornholm se produjeron fuertes bombardeos a mano de las fuerzas soviéticas, el resto de Dinamarca salió relativamente ilesa de la II Guerra Mundial. Tras la liberación (mayo de 1945), el país recuperó su régimen monárquico constitucional; se formó un gobierno provisional de coalición y Dinamarca pasó a formar parte de las Naciones Unidas. Le siguió un gobierno socialdemócrata que trabajó para sacar adelante el país y se estableció un amplio sistema de seguridad social, que aún perdura en la actualidad. Más tarde, Dinamarca aceptó la ayuda del plan Marshall y se adhirió a la OTAN en 1949 y al consejo nórdico en 1951.
A pesar de que, en 1973, Dinamarca votara a favor de la adhesión a la Comunidad Europea (ahora Unión Europea), los daneses no se han mostrado muy seguros de apoyar la ampliación de la Unión. Es más, cuando en junio de 1992 se ratificó el Tratado de Maastricht, que establecía los términos de la unión política y económica de Europa, los daneses lo rechazaron por una diferencia de un 51% frente a un 49%. Tras concedérseles una serie de exenciones en temas de defensa común y moneda única, terminaron apoyando el tratado en un segundo referéndum celebrado en mayo de 1993, por un estrecho margen de mayoría. El apoyo danés a la UE sigue siendo poco entusiasta, ya que muchos ciudadanos tienen miedo de perder el control local a manos de una burocracia europea dominada por países más poderosos.
Cuando Noruega rompió sus ataduras políticas con Dinamarca, a principios del siglo XIX, las antiguas colonias de Islandia, Groenlandia y las Islas Feroe permanecieron bajo administración danesa. En 1918, Islandia, que había estado bajo el dominio danés desde 1380, se declaró estado independiente, aunque su política exterior aún quedaba bajo el control de Copenhague, para terminar consiguiendo la independencia absoluta en 1944. El Reino de Dinamarca todavía incluye Groenlandia y las Islas Feroe, si bien en realidad ambos territorios disfrutan de autogobierno. Las Islas Feroe gozan de gobierno propio desde 1948, y Groenlandia desde 1979. Debido al hecho de que Dinamarca aún tiene competencias en cuestiones de economía, defensa y relaciones exteriores de estos dos territorios, cada uno dispone de dos representantes parlamentarios en el Folketing (parlamento danés). A diferencia de Dinamarca, ni Groenlandia ni las Islas Feroe forman parte de la UE. En el año 2000, Dinamarca rechazó la propuesta de hacer del euro la moneda oficial del país.
En 2001, las elecciones anticipadas convocadas por el gobierno socialdemócrata dieron la victoria al Partido Liberal y su líder Anders Fogh Rasmussen asumió el cargo de primer ministro.