Existen pruebas de la existencia de un asentamiento maya desde al menos mil años antes de Cristo en Copán (oeste de Honduras), pero, al igual que otras ciudades-Estado mayas, éste fue abandonado misteriosamente hacia el 900 a.C. Colón pisó el continente americano por primera vez en Trujillo (norte de Honduras) en 1502, y dio su nombre al país por las hondas aguas de la costa del Caribe. Los españoles se establecieron en Trujillo en 1525, pero pronto decidieron colonizar las tierras altas, menos calurosas. En 1537, fijaron su capital en Comayagua, en el centro de Honduras, que siguió siendo el corazón político y religioso del país durante 350 años hasta que Tegucigalpa pasó a ser la capital, en 1880.
Los indígenas opusieron resistencia a la colonización española y, al parecer, casi logran expulsar del continente a los españoles. El jefe de la tribu lenca, Lempira, dirigió a 30.000 indígenas contra los españoles, pero fue asesinado a traición durante unas conversaciones de paz en 1538 y, al año siguiente, la resistencia quedó aplastada. En 1570, se descubrió oro y plata cerca de Tegucigalpa, lo que atrajo a los piratas británicos y holandeses a la zona de Trujillo. Hacia el año 1600, los españoles calculaban que Roatán daba cobijo a 5.000 bucaneros británicos. Trujillo fue saqueada en 1643 por los piratas holandeses y no fue ocupada de nuevo por los españoles hasta 1787.
Mientras que España concentraba sus energías en el interior, los británicos fueron atraídos a la costa del Caribe por las plantaciones de caoba y trajeron a colonos negros de Jamaica y de otras islas de las Indias Occidentales para recoger la madera. En respuesta a un llamamiento de los jefes de los indios misquitos, se declaró un protectorado británico en toda la zona costera de Honduras a Nicaragua. Éste duró hasta 1859, cuando la región fue devuelta a Honduras.
Honduras se independizó de España en 1821. Durante un breve período, Honduras formó parte del Estado independiente de México, pero más tarde pasó a formar parte de las Provincias Unidas de Centroamérica. Los conflictos entre conservadores y liberales llevaron al país a separarse de esta unión, y en 1838 Honduras declaró la independencia como nación soberana. Desde entonces, el poder ha estado alternativamente en manos de dos facciones políticas y una sucesión de regímenes militares. Desde la independencia, se han producido cientos de golpes de Estado, rebeliones, “irregularidades” electorales y manipulaciones maquiavélicas. La más célebre fue la incursión a cargo del filibustero estadounidense William Walker, en 1860, cuyo frustrado intento de conquistar Centroamérica terminó con una derrota en Trujillo.
Mientras que William Walker no logró el control de Honduras para Estados Unidos, las compañías fruteras de este país sí tuvieron éxito. Hacia finales del siglo XIX, unas empresas estadounidenses adquirieron unas tierras de la fértil costa norte hondureña para transportar plátanos al sur de Estados Unidos con unas condiciones muy generosas. Tres compañías estadounidenses (Standard Fruit, Cuyamel Fruit y United Fruit) llegaron a poseer el 75% de todas las plantaciones de plátano de Honduras. En 1913, el plátano suponía el 66% de todas las exportaciones del país, con lo que estas empresas se convirtieron en elementos clave de la política hondureña. Las compañías se aliaron con facciones políticas locales, y las rivalidades entre las tres empresas fruteras estadounidenses fueron el sello de la política hondureña durante la primera mitad del siglo XX.
En 1969, Honduras y El Salvador mantuvieron un breve conflicto militar conocido como Guerra del Fútbol, que provocó la invasión del territorio hondureño por las tropas salvadoreñas y el bombardeo de sus aeropuertos. La guerra, que se inició durante un partido de clasificación para la Copa del Mundo de fútbol entre ambos países, fue provocada por el supuesto maltrato de los inmigrantes salvadoreños en Honduras. Sólo duró 100 horas, pero envenenó las relaciones entre los dos vecinos durante toda una década.
En los años ochenta, Honduras se vio afectada por las inestabilidad reinante en Nicaragua, El Salvador y Guatemala; cuando los sandinistas derrocaron al dictador nicaragüense, pasó a ser un refugio para los miembros de la Guardia Nacional de Somoza, conocidos como contras. Una fuerte presión por parte de Estados Unidos, así como su ayuda y apoyo militar, mantuvieron la estabilidad en Honduras durante este período, ya que el país se convirtió en el centro de la política y de las operaciones estratégicas estadounidenses en la zona. Estados Unidos envió cantidades industriales de dinero y miles de soldados a la vez que llevaba a cabo operaciones para desestabilizar Nicaragua, utilizando los campos de refugiados nicaragüenses en Honduras como bases para su guerra secreta. Estados Unidos también entrenó al ejército salvadoreño en los campos de refugiados salvadoreños del interior de Honduras. Las protestas populares, la inestabilidad política, la revelación del escándalo Irán-Contra y la noticia de que 12.000 contras operaban desde Honduras provocó manifestaciones antiestadounidenses que llegaron a reunir a 60.000 personas en Tegucigalpa. Finalmente, el gobierno reexaminó su función como base militar estadounidense, rechazó firmar un nuevo acuerdo militar con Estados Unidos y expulsó a los contras de Honduras. Con la elección de Chamorro como presidenta de Nicaragua en 1990, la guerra de la contra terminó, y éstos abandonaron Honduras.
Desde entonces, los problemas de Honduras han sido en gran medida económicos, con un descenso de las exportaciones, un incremento de la deuda exterior y una disminución de la renta per cápita. Desde que Honduras dejó de ser el eje de la política estadounidense en Centroamérica, la ayuda estadounidense se ha reducido. En la actualidad, el comercio con Europa es dos veces mayor que el realizado con Estados Unidos, pero Honduras sigue siendo vulnerable a las volátiles fluctuaciones del precio del plátano y del café. El Partido Liberal, de centroderecha, está encabezado por el presidente Carlos Flores Facussé, que fue elegido en noviembre de 1997. Flores tiene unos fuertes vínculos con Estados Unidos y es copropietario del periódico La Tribuna.
En noviembre de 1998, la ayuda internacional y los cooperantes acudieron en gran número a Centroamérica para ayudar al país a recuperarse de la devastación producida por el huracán Mitch. Honduras fue el país más afectado por este huracán. Los tres días de lluvia que siguieron el paso del Mitch causaron corrimientos de tierra e inundaciones que enterraron ciudades y destruyeron más de cien puentes en todo el país. Cuando el río Choluteca se desbordó, devastó Tegucigalpa, la capital, llevándose pertenencias y dejando tras de sí un mar de barro. En el año 2000, gran parte de los destrozos del Mitch había sido limpiados, pero las prácticas que aumentaron los destrozos provocados por las inundaciones, como los desbrozos, el monocultivo y la rápida expansión urbana aún prosiguen.
En 2001, Ricardo Maduro fue elegido presidente tras una campaña en la que prometía reducir el crimen y promover el turismo en el país. Al cabo de algunos meses de entrar en el poder, Maduro inauguró la primera unidad de policía turística y visitó Nueva York con el fin de instruirse sobre la reducción del crimen de la mano de Rudy Giuliani. Ha sido criticado por organizaciones humanitarias por ir demasiado lejos en la concesión de poderes a la policía con respecto a la lucha contra el crimen, aunque estas medidas gozan de amplio apoyo dentro del país.
Maduro ha defendido procedimientos interestatales más eficaces. En 2003, formó parte de la delegación de presidentes de Centroamérica que se reunieron con el presidente Bush con el fin de conseguir tarifas más reducidas y para la adopción de un Acuerdo de Comercio Libre de Centroamérica. Organizaciones monetarias internacionales presionan a Honduras para que reduzca su déficit (cuya cifra no se conoce a causa de la negativa por parte del gobierno hondureño de emitirla durante el plazo de dos años).