Desde Tegucigalpa y San Pedro Sula existen vuelos internacionales que ofrecen frecuentes conexiones directas con otras capitales centroamericanas y muchos destinos de América del Norte. La tasa de salida para los vuelos internacionales puede alcanzar los 25 dólares, aunque es muy probable que esto cambie.
Los pasos fronterizos hondureños están abiertos a diario entre las 7 de la mañana y las 5 ó 6 de la tarde. Existe una tarifa de entrada y salida simbólica y no muy oficial, pero suele ser tan reducida que conviene pagarla, salvo que la cantidad solicitada sea excesiva. Los principales puntos fronterizos a Guatemala están situados en Agua Caliente y El Florido; a El Salvador, en El Amatillo y El Poy; y a Nicaragua, en El Espino y Las Manos. Un servicio frecuente de autobuses une todos los pasos fronterizos, pero la mayoría no cruzan la frontera, por lo que es necesario andar un poco y tomar otro autobús.
El Sendero de la Jungla es un camino que une Puerto Cortés, en Honduras, y Puerto Barrios, en Guatemala. El viaje dura dos días y no debe realizarse sin la preparación adecuada. Se recomienda contratar un guía para no perderse, buena protección contra los bandidos que operan en la zona.
Si bien no existe un servicio regular de barcos de pasajeros desde o hacia Honduras, a menudo es posible conseguir viajar en una embarcación de pesca o un carguero si se paga el pasaje; debe negociarse directamente con el capitán. En la costa del Caribe se pueden encontrar barcos en Puerto Cortés, La Ceiba, Puerto Castilla, Tela o las islas de la Bahía. Los destinos más habituales de los buques son Puerto Barrios (Guatemala), Belize, Puerto Cabezas (Nicaragua), las islas caribeñas y Nueva Orleans o Miami, en Estados Unidos. En la costa del Pacífico, en San Lorenzo, se pueden encontrar barcos que viajen hacia Nicaragua o El Salvador.