Las primeras huellas humanas que quedaron marcadas en tierra keniana fueron impresas en el año 2000 a.C. por tribus nómadas de Etiopía. Un segundo grupo apareció unos mil años más tarde, y ocupó gran parte de la zona central del país. Otros antepasados de las tribus que pueblan el país emigraron de todos los puntos del continente entre el 500 a.C y el 500 d.C. Las tribus de habla bantú (como los gusii, kikuyu, akamba y meru) llegaron del oeste de África mientras que los pueblos de habla nilótica (masai, luo, samburu y turkana) procedían del valle del Nilo en el sur del Sudán. Con la migración hacia el interior, los musulmanes de la península Arábiga y los shirazis de Persia (actualmente Irán) se establecieron en el litoral del este de África a partir del siglo VIII.
Atraídos por el aroma de las especias y el dinero, los portugueses aparecieron por la región en el siglo XV. Tras aventurarse cada vez más lejos por la costa occidental africana, Vasco da Gama dobló finalmente el cabo de Buena Esperanza y empezó a remontar el litoral oriental del continente en 1498. Siete años más tarde, se inició el saqueo de Kenia. En el siglo XVI, casi todas las localidades comerciales de los suahili, incluida Mombasa, habían sido asaltadas u ocupadas por los soldados lusos, marcando el fin del monopolio árabe sobre el comercio del océano Índico. Los portugueses permanecieron largo tiempo en la zona, aplicando un duro régimen colonial, y enfrentando a los sultanes entre sí. Pero su dominio fue siempre algo inestable ya que sus expediciones debían abastecerse en Goa, en la India. Los árabes recuperaron el control de la costa en 1720.
Durante el resto del siglo XVIII, las dinastías omaníes provenientes del golfo Pérsico iniciaron sus incursiones a lo largo del litoral oriental africano. Los estragos de la época portuguesa y las rencillas constantes entre los gobernadores árabes acarrearon un declive en el comercio y en la prosperidad de la zona, por lo que las superpotencias económicas (Gran Bretaña y Alemania) no tuvieron demasiado interés en apoderarse de esta porción del este de África hasta mediados del siglo XIX.
Con los europeos recorriendo inesperadamente todo el continente africano en busca de fama y fortuna, incluso el inexplorado territorio interior de Kenia fue invadido. Hasta la década de 1880, el valle del Rift y las tierras altas de Aberdare seguían siendo el hogar de la orgullosa tribu guerrera de los masai. A finales del siglo XIX, estalló una guerra civil entre las dos facciones opuestas de este pueblo y sus consecuencias se tradujeron en enfermedades y hambrunas que diezmaron la población. Los británicos aprovecharon esta circunstancia para negociar un tratado con el laibon (jefe o líder espiritual) de los masai, e iniciar las obras de la vía férrea entre Mombasa y Uganda, que atravesaba las tierras de pastoreo.
A partir de este momento, la decadencia de esta tribu ya sería imparable. Los colonos blancos reclamaban cada vez más tierras fértiles, y los masai fueron confinados en reservas cada vez más pequeñas. A los kikuyu, un pueblo bantú de agricultores procedente de las tierras altas al oeste del monte Kenia, también les expoliaron grandes extensiones de terreno.
Los asentamientos blancos a principios del siglo XX fueron inicialmente desastrosos, pero, una vez se dignaron a conocer superficialmente las características de la tierra, los británicos consiguieron fundar una colonia aceptable. Otros colonos europeos establecieron pronto sus plantaciones de café, y en la década de 1950 la población de blancos se elevaba ya a unas ochenta mil personas. Sin muchas más opciones que la de adaptarse a la economía implantada por los europeos, tribus como los kikuyu mantuvieron, sin embargo, una férrea oposición. Harry Thuku, uno de los primeros líderes de la asociación política de los kikuyu, fue encarcelado por los británicos en 1922. Su sucesor, Johnstone Kamau (más tarde Jomo Kenyatta) sería el primer presidente del país tras su independencia.
Con la creciente oposición al régimen colonial, surgió la Unión Nacional Africana (KAU), que formuló sus demandas de forma cada vez más contundente. Otras sociedades similares pronto unieron sus voces reclamando la libertad, incluyendo la de los Mau Mau, cuyos miembros (principalmente kikuyu) prometieron expulsar a los colonos blancos de Kenia. Pero estos activistas fueron definitivamente derrotados en 1956, terminando así su rebelión con un balance de más de 13.500 muertos entre guerrilleros, civiles y soldados, y sólo algo más de cien bajas europeas.
Kenyatta pasó años encarcelado o en arresto domiciliario, pero fue liberado en 1961 y se convirtió en el líder de la reencarnada KAU, la Unión Nacional Africana de Kenia (KANU). La independencia llegó de su mano el 12 de diciembre de 1963, y bajo su presidencia, el país se convirtió en una de las naciones más estables y prósperas del continente. Tras la muerte de Kenyatta, en 1978, se alzó al poder Daniel Arap Moi, miembro de la tribu tugen.
El mandato de Moi se caracterizó por las escisiones y la discordia. Sumamente reacio a las críticas, propició el desmantelamiento de las sociedades tribales y los disturbios en las universidades. En 1982, un intento de golpe de estado por parte del ejército del aire fue aplastado por miembros leales al presidente. Las fuerzas aéreas fueron desmanteladas y sustituidas por una nueva formación militar. Con los vientos de pluralismo democrático que barrieron el continente a finales de los años ochenta y principios de los noventa, la comunidad internacional suspendió las ayudas a Kenia.
El Fondo Monetario Internacional (FMI), el Banco Mundial y los principales donantes de ayuda exigían que cesara la represión y se relajara el bloqueo político de Moi. Éste accedió a las demandas, pero vio con satisfacción cómo la oposición minaba sus propias opciones en las elecciones de 1993. El Forum para la Restauración de la Democracia (FORD) fue incapaz de encontrar un líder de consenso, y se dividió en tres partidos distintos. Moi se benefició de esta situación y ganó las elecciones al obtener la tercera parte del voto total.
En 1995 se fundó un nuevo partido, en un intento de unificación de la escindida oposición. Era el Safina, creado por Richard Leakey, un famoso antropólogo, defensor de los elefantes y activista político. A pesar del acoso casi constante por parte del gobierno, Safina ha registrado ciertos progresos.
A finales de 1997, se celebraron nuevas elecciones. A pesar de recurrentes denuncias de fraude electoral e intimidación de los candidatos de la oposición, una vez más Moi ganó por un estrecho margen, con poco más del 40% de los votos. Aunque prometió acabar con la corrupción en el gobierno, el país parecía sumido en una atmósfera de resignación.
Desde 1997, el país ha sufrido importantes inundaciones, epidemias de cólera y de malaria, diversos conflictos étnicos y una mayor sequía. El HIV continúa siendo uno de los principales problemas. En agosto de 1998, grupos terroristas bombardearon las embajadas de Estados Unidos en Nairobi y en Dar es Salaam (Tanzania), con más de 250 muertos y más de 5.000 heridos, ilustrando así la vulnerabilidad de Kenia ante la creciente agitación social y política. Precisamente cuando la situación parecía mejorar, tuvo lugar un atentado suicida en un hotel al norte de Mombasa en noviembre de 2002. A finales de este mismo año, Moi decidió retirarse con una generosa paga de jubilación. En las elecciones de diciembre de 2002, el KANU fue derrotado por la Coalición Nacional Arco Iris (NARC), liderada por Mwai Kikabi, hecho que provocó un sentimiento de optimismo en el país.
En marzo 2004, el esperado borrador para una nueva constitución fue lanzado, pero finalmente no fue aprobado por el parlamento.