La peculiar ubicación de Malta, cerca de las principales rutas comerciales mediterráneas, y a la vez apartada, ha hecho que la isla haya pasado por largos períodos de aislamiento interrumpidos por episodios, generalmente violentos, de intrusión extranjera. Los templos megalíticos que datan de hasta el 3800 a.C. constituyen el legado más antiguo del archipiélago. Hacia el 800 a.C., los fenicios colonizaron las islas y se quedaron unos seiscientos años. En el 208 a.C., los romanos convirtieron a Malta en parte de su imperio.
Aparte de la estancia de Ulises en Gozo (conocida como la Isla de Calipso), el visitante más famoso fue el apóstol San Pablo, que según la leyenda naufragó en Malta en el año 60 d.C. y aprovechó el accidente para evangelizar a los isleños, aunque en la actualidad, estudiosos de la Biblia y científicos opinan que probablemente la nave de San Pablo se hundió en Cefalonia, en Grecia. Siguieron varios cientos de años de pacífico aislamiento, hasta que en el 870 llegaron los árabes del norte de África. Éstos ejercieron una poderosa influencia sobre los malteses, introdujeron los cítricos y el algodón y alteraron el idioma. Invasores normandos que arribaron desde Sicilia expulsaron a los árabes en 1090, y durante los cuatrocientos años que siguieron, Malta permaneció bajo el dominio siciliano.
En 1530, el emperador de España Carlos V regaló la isla a los Caballeros de la Orden del Hospital de San Juan de Jerusalén, o del Hospital. Esta orden, que se formó durante las Cruzadas para atender y proteger a los peregrinos a Tierra Santa, era una de las escasas opciones al alcance de los miembros más jóvenes de las familias aristocráticas europeas que no estaban en condiciones de heredar propiedades. Los caballeros fortificaron la isla justo a tiempo para una invasión de 30.000 turcos en 1565. Éstos sitiaron Malta durante tres meses, pero entre los setecientos hospitalarios y los ocho mil malteses se las arreglaron para mantenerlos a raya. Los caballeros fueron proclamados los salvadores de Europa y, por sus esfuerzos, se les recompensó con una ciudad recién diseñada y fortificada: La Valletta.
Con la fama y el poder llegó la corrupción, y los caballeros se convirtieron en piratas. Para cuando Napoléon llegó en 1798, se habían debilitado demasiado como para oponer resistencia. Fueron los británicos quienes ayudaron a los malteses a luchar contra los franceses, y en 1814 Malta ya era una colonia británica. Gran Bretaña transformó al país en una importante base naval, convirtiéndolo así en un atractivo blanco para las potencias del Eje durante la II Guerra Mundial. Tras un largo bloqueo y cinco meses de ataques aéreos ininterrumpidos, Malta quedó devastada.
Poco después de la guerra, Malta comenzó a desligarse de Gran Bretaña y a negociar su independencia y, en 1964, logró su total autonomía. Sin embargo, en el año 1979, y con gran disgusto de Gran Bretaña y sus aliados, el Gobierno del país firmó acuerdos con Libia, la Unión Soviética y Corea del Norte. Este coqueteo con el comunismo se acabó con la victoria del Partido Nacional en 1987, que comenzó a hacer diligencias para que Malta ingresara en la Unión Europea (UE). En las elecciones generales de 1996, el Partido Laborista, dirigido por Alfred Sant, retomó el poder gracias a su promesa de retirar la solicitud de Malta para ser miembro de la UE. En 1998, y con la solicitud en suspenso, el Partido Nacional volvió al poder con Eddie Fenech Adami.
En las últimas décadas, los malteses han alcanzado una gran prosperidad, debido principalmente al turismo, pero cada vez más gracias al comercio y a la industria ligera. En 1999, el nacionalista Guido de Marco asumió el cargo de presidente de la República. El ingreso de Malta en la Unión Europea tuvo lugar en 2004.