Los aborígenes de la zona oriental de Paraguay eran guaraníes seminómadas, mientras que algunos grupos de cazadores recolectores, llamados Guaycurú, habitaban en el Chaco. En 1524, Alejo García fue el primer europeo que cruzó Paraguay, y lo hizo con ayuda de guías guaraníes. Tres años después, Sebastián Caboto ascendió por el río Paraguay, pero no fundó ninguna colonia. De ello se encargó Pedro de Mendoza, cuya expedición se asentó en Asunción tras huir de Buenos Aires. La colonia prosperó y se convirtió en el núcleo del asentamiento español de la zona oriental y meridional de Suramérica, provocando una fascinante era de socialización. La población indígena fue absorbida gradualmente por los españoles, quienes a su vez adoptaron las costumbres, comidas y lenguas guaraníes. Con el tiempo, surgió una sociedad española-guaraní: los españoles dominaban el plano político, y su descendencia, los mestizos, adoptaba los valores culturales de los españoles.
Con la colonización llegaron también los misioneros jesuitas, enviados a civilizar a los indígenas, tarea que emprendieron con presteza y habilidad. Se indujo a los indígenas a abandonar sus tierras y a asentarse en reducciones, comunidades teocráticas donde ayudaban a construir iglesias y adquirían conocimientos sobre albañilería, escultura y pintura, al tiempo que obtenían a veces una educación clásica. Tras la expulsión de los misioneros en 1767, las reducciones se desintegraron, porque los indígenas salieron en estampida o fueron contratados por diferentes maestros.
Paraguay declaró su independencia en 1811, y España no se opuso a ello. Unos años más tarde, caía bajo el dominio del xenófobo José Gaspar Rodríguez de Francia, también apodado “El Supremo”, quien cerró las fronteras, promovió una política de autosuficiencia (incluso obligó a la clase alta española a casarse con los mestizos) y expropió sus propiedades a los terratenientes, a los comerciantes y a la Iglesia. José Gaspar Rodríguez de Francia murió en 1840, y posteriormente sus restos fueron exhumados y arrojados al río. Su sucesor, Carlos Antonio López, acabó con el aislamiento de Paraguay y comenzó a modernizar el país. Lamentablemente, también engendró un megalómano, que se empeñó en destrozar el país al provocar la catastrófica Guerra de la Triple Alianza (1864-1870) contra Argentina, Uruguay y Brasil. Al término de la guerra, Paraguay había perdido 150.000 km² de territorio y casi una cuarta parte de su población, incluido el hijo de López.
Tras la guerra, el sector agrícola de Paraguay resucitó gracias a una nueva ola de emigrantes europeos y argentinos, pero la inestabilidad política aún continuaba. A finales de siglo, surgieron tensiones fronterizas después de que Bolivia ocupara partes controvertidas del Chaco. La perspectiva de enormes yacimientos de petróleo (que luego se demostró que no existían) llevó a los dos países a la guerra en 1932. El ejército de Bolivia fue expulsado de casi todo el Chaco, y el consiguiente tratado otorgó a Paraguay tres cuartas partes del territorio en disputa.
Tras la Guerra del Chaco, la política de Paraguay se volvió aún más conflictiva, hasta que una breve guerra civil llevó al poder al Partido Colorado en 1949. En 1954, un golpe militar instaló al General Alfredo Stroessner como presidente. Hombre arrogante, con un temperamento fiero, Stroessner se valió de la tortura, el asesinato, las depuraciones políticas y las elecciones fraudulentas para mantenerse en el poder durante los siguientes 35 años. El hostil dictador fue destituido en 1989, cuando fue reemplazado por otro gerifalte, el General Andrés Rodríguez. Pese al gran escepticismo existente respecto a sus intenciones, dado que Rodríguez había sido el brazo derecho de Stroessner, se canceló el estado de emergencia perenne del país, se eliminó la censura, se legalizaron los partidos de la oposición y se consiguió la liberación de los presos políticos.
Paraguay disfrutó de una estabilidad política creciente hasta la elección, en 1993, de Juan Carlos Wasmosy, un fanático del libre mercado y antiguo miembro de la facción de Stroessner cuya presidencia inspiró un gran número de huelgas revolucionarias. El propio Wasmosy fue investigado a causa de unos negocios dudosos relacionados con proyectos hidroeléctricos masivos de Paraguay.
En mayo de 1998, el Partido Colorado confirmó de nuevo su permanencia en el poder con la elección del presidente Raúl Cubas, un ingeniero electrotécnico que asumió la candidatura del partido después de que el antiguo General Lino Oviedo, candidato original, cayera prisionero a mitad de la campaña, acusado de rebelarse contra Wasmosy en 1996. Cuando las cosas comenzaban a parecer otra vez más halagüeñas, Cubas fue también atacado, acusado de abuso de poder al poner en libertad a Oviedo a pesar de las órdenes contrarias de la Corte Suprema. Cuando el vicepresidente, Luis Argaña, fue asesinado en marzo de 1999, el sentimiento popular relacionó contra Cubas y Oviedo por el asesinato; Cubas fue obligado a dimitir del cargo. Luis González Macchi, que había sido presidente del Senado, prestó juramento y se convirtió en presidente; Cubas y Oviedo pidieron asilo en los países vecinos.
En 2000, un juez ordenó la extradición desde Brasil del dictador Alfredo Stroessner, aunque todavía no se hayan llevado a cabo estos pasos legales. En abril de 2002, el presidente Macchi fue acusado de malversación, aunque posteriormente superó el proceso de incapacitación. En 2003, le sucedió Nicanor Duarte Frutos, también del partido Colorado. A mediados de 2004, el ex golpista Oviedo que estaba exiliado en Brasil se entregó a la policía.