Los primeros pobladores fueron cazadores-recolectores nómadas que habitaron las cuevas del litoral. El yacimiento más antiguo, la cueva de Pikimachay, data aproximadamente del 12000 a.C. Los primeros cultivos aparecieron hacia el año 4000 a.C. (algodón, judías, calabacín y pimientos de chile). Otras culturas más desarrolladas, como la chavín, que desapareció inexplicablemente alrededor del año 300 a.C., introdujeron el arte del tejido, la agricultura y la religión. A lo largo de los siglos, muchos otros grupos alcanzaron una relevancia destacada a escala local (entre ellos, los salinar, nazca, paracas y huari). A partir del siglo XII se desarrolló el Tahuantinsuyo o imperio inca, que en el siglo XV se había hecho ya con el control de gran parte del país, e incluso había extendido su influencia a Colombia y Chile.
Entre 1526 y 1528 Francisco Pizarro exploró el litoral peruano y, atraído por las riquezas incaicas, regresó a España con la intención de reunir dinero y así poder formar una hueste para otra expedición a Perú. A su vuelta y antes de vencer al emperador Atahualpa, que se disputaba el trono con Huáscar, en 1533, Pizarro marchó sobre Cajamarca, en el norte del país. En 1535, fundó la ciudad de Lima, muriendo al cabo de seis años. El último emperador, Manco Inca, fue ejecutado en 1572.
Durante los dos siglos siguientes reinó la paz y Lima se convirtió en el principal centro político, social y comercial de las naciones andinas. Sin embargo, en 1780, la explotación a la que estaban sometidos los indígenas provocó un alzamiento dirigido por el supuesto inca Túpac Amaru II. La rebelión fue efímera y sus líderes, ajusticiados. Perú permaneció fiel a España hasta 1824, año en que el país fue liberado por Simón Bolívar y José de San Martín, aunque la oligarquía criolla se mostró hostil a tal cambio. En 1866, el país salió victorioso de una breve guerra contra España, pero fue derrotado por Chile en la guerra del Pacífico (1879-1883), que tuvo como consecuencia la pérdida de las provincias de Arica, Antofagasta y Tarapacá. En 1941, Perú mantuvo un conflicto armado con Ecuador a raíz de una disputa fronteriza. En 1942, el tratado de Río de Janeiro cedía a Perú el área situada al norte del río Marañón, pero la decisión topó con la firme oposición de Ecuador.
En 1965 los alzamientos del Ejército Nacional de Liberación, inspirado en la guerrilla cubana, fracasaron, pero durante la década de 1980, una serie de huelgas a escala nacional, junto con la violenta insurrección del movimiento maoísta Sendero Luminoso, provocaron una fuerte inestabilidad política. También adquiría relevancia otro grupo guerrillero, el Movimiento Revolucionario Túpac Amaru (MRTA). Sin embargo, la victoria de Alberto Fujimori frente al novelista Mario Vargas Llosa en las elecciones presidenciales de 1990, así como la captura en 1992 de los líderes que inspiraron el MRTA y Sendero Luminoso, alentaron las esperanzas de un período sostenible de paz.
Pese al rápido crecimiento económico que registra Perú, las mayores amenazas para la estabilidad del país siguen siendo el desempleo y la pobreza. En abril de 1995, Fujimori fue reelegido presidente, derrotando al antiguo secretario general de las Naciones Unidas Javier Pérez de Cuéllar. En 1998, Perú firmó un tratado con Ecuador para resolver pacíficamente el contencioso fronterizo que les enfrentaba desde hacía 57 años. De este modo, se allanó el camino para un incremento de las inversiones extranjeras en ambas naciones. En noviembre de 1999, Perú y Chile zanjaron su antigua disputa territorial por Arica, un importante corredor comercial.
En el año 2000, se convocan elecciones, en las que Alejandro Toledo, un indígena andino de origen humilde que había llegado a ejercer como economista en el Banco Mundial, se enfrentó a Alberto Fujimori. Una semana antes de que el país acudiera a las urnas por segunda vez, Toledo presentó una carta formal a la Junta Nacional de Elecciones para denunciar la corrupción presente en los comicios. La respuesta que obtuvo de la Organización de Estados Americanos (OEA), fue que necesitaba más tiempo para corregir las deficiencias del proceso electoral. Toledo dio instrucciones a sus seguidores para que escribieran “No al fraude” en sus papeletas y se retiró de la segunda vuelta.
Fujimori salió victorioso de unas elecciones controvertidas. En noviembre acabó dimitiendo de su tercer período presidencial y escapó a Japón, después de que su asesor de inteligencia, Vladimiro Montesinos, fuera acusado de violación de los derechos humanos y de corrupción.
El 20 de marzo de 2002, pocos días antes de una visita del presidente George Bush, un coche bomba estalló junto a la embajada de los Estados Unidos en Lima, en el atentado 10 personas perdieron la vida. Se dijo que había sido obra de un grupo militante local.
En junio de 2001 Toledo se convirtió en el primer presidente indígena del país. Desde entonces, el camino para ajusticiar a Fujimori ha sido tortuoso, dándose a conocer el hecho de que aproximadamente 69.000 peruanos perdieron la vida durante décadas de enfrentamientos entre los rebeldes y las fuerzas gubernamentales. La actuación política de Toledo ha tenido aspectos decepcionantes. Aunque a primera vista las cifras económicas no son muy negativas, su presidencia se ha definido por el escándalo y su apetencia por la vida nocturna limeña. En mayo de 2003, el gobierno proclamó el estado de emergencia cuando profesores, granjeros y funcionarios se declararon en huelga durante un mes. La reaparición de los grupos rebeldes de Sendero Luminoso y las actividades relacionadas con la elaboración de la cocaína representan igualmente un gran problema para el país.