Japón enlaza por vía aérea con todos los países del planeta, y aunque los vuelos internacionales suelen llegar a Tokio, también pueden aterrizar en otros aeropuertos nipones. Es preferible evitar el impersonal aeropuerto de Narita (Tokio), que puede brindar una desagradable y monótona introducción a Japón. En el aeropuerto internacional de Kansai se debe abonar una tasa de salida de 25 dólares (29 euros), mientras que el resto de aeropuertos internacionales no aplican ninguna.
Existen algunas opciones de transporte marítimo entre Japón y Corea del Sur. La más económica, el transbordador Shimonoseki-Pusan, cruza de noche el mar de Japón en ambas direcciones. Entre Fukuoka y Pusan navega un hidrodeslizador super rápido (3 horas) y un transbordador (15 horas). Respecto a China, varios transbordadores unen Shanghai con Osaka, Kobe y Nagasaki; también se ha habilitado un transbordador semanal de Kobe a Tanggu (cerca de Tianjin). Hacia Taiwán, un transbordador semanal zarpa de Okinawa. Para los viajeros que deseen embarcar en el tren transiberiano hasta Moscú, se ofrece un servicio semanal de transbordadores entre Yokohama y el puerto ruso de Nakhoda, cerca de Vladivostok.