El nuevo aeropuerto internacional de Malasia -emplazado en Sepang, a 50 km al sur de Kuala Lumpur- inició su funcionamiento en junio de 1998. La mayoría de los turistas vuelan a Sepang o llegan por tierra desde Tailandia o Singapur. Sin embargo, Penang también cuenta con vuelos internacionales, y Kuching (Sarawak) y Tawau (Sabah) disponen de vuelos a Kalimantan. Para los viajes internacionales debe abonarse un impuesto de salida de 40 dólares, incluido en el precio del billete si se compra en Malasia. El impuesto de salida para vuelos con destino a Singapur y Bruneo se reduce a 5 dólares.
Existen cinco pasos fronterizos terrestres entre Malasia y Tailandia (dos en la costa occidental, uno en el centro y dos en la costa oriental). También cuenta con un enlace ferroviario en la costa occidental. Desde Singapur es factible atravesar hacia Johor Bahru por la carretera elevada, o tomar el ferry o el tren. Se han habilitado tres servicios de ferry entre Malasia e Indonesia: Penang-Medan, Malacca-Dumai y, en Malasia Oriental, Tawau-Tarakan. También existe un complicado paso por carretera entre Sarawak y Kalimantan.