Se conoce muy poco acerca de la Camboya prehistórica, aunque los descubrimientos arqueológicos han demostrado que, en la época anterior al año 1000 a.C., el pueblo camboyano subsistía a base de una dieta de pescado y arroz, y habitaba en casas sobre pilotes, característica que aún mantienen. Entre los siglos I y VI, la mayor parte del territorio pertenecía al reino del Sureste Asiático de Fu-nan, que desempeñó un papel fundamental en el desarrollo de las instituciones políticas, la cultura y el arte de los futuros estados jemeres. Sin embargo, no fue hasta la era angkoriana, iniciada en el siglo VIII, cuando el reino se transformó en una potencia artística y religiosa.
En 1431, las fuerzas del reino tailandés de Ayudhya saquearon Angkor, provocando una situación de rivalidades dinásticas y una guerra permanente entre tailandeses y jemeres que se prolongaría durante siglo y medio. En esta contienda, también desempeñaron un papel importante españoles y portugueses, que habían arribado escaso tiempo antes a la región, hasta que el rencor hacia su poder aumentó de tal manera que culminó en 1599 con la matanza de la guarnición española apostada en Phnom Penh. A partir de 1600, y hasta el desembarco de los franceses en 1863, el país estuvo gobernado por una serie de débiles monarcas.
Tras la firma del tratado de 1863, Camboya se convertía en protectorado francés; y en 1884 los galos forzaron al rey Norodom a firmar otro convenio por el que el país pasaba a ser una auténtica colonia. El período siguiente estuvo marcado por una relativa calma; incluso el levantamiento de los campesinos en 1916 se consideró un hecho pacífico. En 1941, los franceses otorgaron el trono al príncipe Sihanouk, de 19 años, preveyendo la docilidad del gobernante. Sin embargo, los años posteriores a 1945 estuvieron plagados de conflictos, y el poder colonial francés fue disminuyendo debido a la proximidad de la guerra entre Francia y el Viet Minh, acaecida en Vietnam y Laos. En 1953, se proclamó la independencia de Camboya, confirmada finalmente en la conferencia de Ginebra el año siguiente, y el enigmático rey Norodom Sihanouk permaneció al mando de la política nacional durante los siguientes quince años, antes de ser derrocado por el ejército.
En 1969, Estados Unidos sembró de bombas supuestos campos base comunistas en la nación, provocando miles de víctimas entre la población civil y la participación forzada del país en la Guerra del Vietnam. Las tropas estadounidenses y survietnamitas invadieron el territorio camboyano en 1970 con la intención de aniquilar las fuerzas comunistas vietnamitas, pero la operación fracasó. No obstante, consiguieron el retroceso de las guerrillas izquierdistas camboyanas, los jemeres rojos, hacia el interior. Camboya se vio involucrada en esta lucha, que acabó con la toma de la capital por parte de los jemeres rojos.
Durante los siguientes cuatro años, los jemeres rojos, liderados por Pol Pot, asesinaron sistemáticamente a unos dos millones de ciudadanos, en especial intenectuales, en un intento brutal de convertir el país en una cooperativa agraria dominada por los campesinos. Se abolió la moneda, se interrumpió el servicio postal, la población se convirtió en mano de obra esclava y Camboya quedó prácticamente aislada del mundo exterior. En respuesta a las continuas incursiones camboyanas en sus provincias fronterizas, Vietnam invadió el país en 1978, forzando así a los jemeres rojos a huir al santuario selvático situado en la frontera tailandesa. Desde allí, durante las décadas de 1970 y 1980, dirigieron una guerra de guerrillas contra el gobierno, respaldado por los vietnamitas.
A mediados de 1993, se celebraron elecciones generales supervisadas por las Naciones Unidas, que convergieron en una nueva Constitución y el renombramiento del rey Norodom Sihanouk. Los jemeres rojos boicotearon los comicios, rechazaron las conversaciones de paz y compraron grandes cantidades de armas a los líderes militares camboyanos. En los meses que siguieron a las elecciones, la amnistía apoyada por el gobierno se aseguró las primeras deserciones de las filas de los jemeres rojos, que se mantuvieron hasta 1994, cuando finalmente el gobierno los declaró ilegales.
La difícil coalición entre el Frente Unido Nacional del príncipe Ranariddh y el Partido Popular Camboyano de Hun Sen se interrumpió con violencia en julio de 1997 y, cuando la situación se aligeró, Hun Sen asumió en solitario el liderazgo de la nación. Las elecciones celebradas a mediados de 1998 le otorgaron una nueva victoria, a pesar de las protestas protagonizadas por candidatos de la oposición, que criticaban las turbias prácticas electorales. Aunque no contaba con deslumbrantes credenciales democráticas, este hombre tuerto y vigoroso ha resultado una fuerza estabilizadora para Camboya. La muerte de Pol Pot de un aparente ataque al corazón, en abril de 1998, fue acogida con discrepancia de opiniones; con enfado, ya que nunca fue juzgado, y con escepticismo, porque no era la primera vez que se le daba por muerto. Se espera que los líderes más destacados de los jemeres rojos que siguen con vida sean juzgados a finales de 2001, en un juicio auspiciado por un tribunal asistido por las Naciones Unidas y supervisado por un equipo mixto de abogados foráneos y locales. Sin embargo, la esperanza de que se haga justicia se ve enturbiada por el hecho de que antiguos miembros leales a los jemeres rojos todavía ocupan posiciones de poder, y sólo un grupo muy reducido ha sido encarcelado. No existe certeza de que Ieng Sary, el anterior ministro de Asuntos Exteriores y cuñado de Pol Pot, vaya a ser juzgado, ya que podría peligrar la recién estrenada estabilidad del país. Este juicio puede ayudar sobremanera a devolver la fe en Camboya, a conseguir atraer la ayuda extranjera y a fortalecer la posición del país dentro de la ANSEA (Asociación de Naciones del Sureste Asiático).
La futura estabilidad también depende de la mejora de la maltrecha economía del país, que recibió un duro golpe con las devastadoras inundaciones sufridas en el año 2000, de la erradicación de la arraigada cultura de corrupción y de la necesidad de conocer el sucesor del rey Sihanouk, el último de la larga sucesión de reyes divinos de Angkor.
La estabilidad futura está ligada a la mejora de la economía del país, que lleva mucho tiempo en crisis, a la erradicación de la asentada cultura de la corrupción, la reducción del ejército y la aclaración de la polémica sucesión real. El primer ministro del Partido Popular Camboyano, Hun Sen, ganó las elecciones en 2003, pero el estancamiento político duró hasta junio de 2004, cuando Hun Sen encontró un aliado para formar una colación y pudo reanudar sus labores en el cargo. En octubre de 2004, el rey Sihanouk anunció su intención de abdicar por causas de salud y molestias por las luchas políticas intestinas del país.