Las culturas precolombinas existían en grupos aislados en la región de los Andes y en las costas del Pacífico y del Atlántico. Entre las más destacadas figuraban la tairona, la sinú, la muisca, la quimbayá, Tierradentro y San Agustín. Muchas de las tribus realizaban objetos de oro y de cerámica muy elaborados, y algunas dejaron cámaras funerarias y dibujos en rocas que han ayudado a los antropólogos a comprender sus culturas.
Alonso de Ojeda, un compañero de Cristóbal Colón, desembarcó en la península de Guajira en 1499. La riqueza de los indígenas del lugar contribuyó a difundir el mito de El Dorado, y las costas de la actual Colombia se convirtieron en objetivos de numerosas expediciones. En un primer momento, los indígenas toleraron la llegada de los españoles, pero se rebelaron cuando los colonizadores trataron de esclavizarlos y confiscaron sus tierras. Pronto, gran parte de lo que pasaría a ser Colombia fue conquistada por los españoles, y varias ciudades, entre ellas Cartagena (fundada en 1533), prosperaron. En 1544, el país se fue incorporado al virreinato de Perú, situación que duró hasta 1739, cuando pasó a formar parte del de Nueva Granada, que incluía los territorios actuales de Colombia, Venezuela, Ecuador y Panamá.
Junto con la esclavitud, el monopolio español sobre el comercio, los impuestos y las aduanas hizo que poco a poco crecieran las protestas, en especial hacia finales del siglo XVIII. En esta época surgieron las primeras demandas de autonomía nacional, pero no fue hasta 1819, con la aparición del libertador venezolano Simón Bolívar y su ejército, cuando la independencia se convirtió en un hecho. Siguieron diez años de una confederación inestable con Venezuela y Ecuador, bajo el nombre de Gran Colombia, hasta que las diferencias regionales entre los tres miembros pusieron fin a esta unión.
Las corrientes políticas surgidas durante la lucha por la independencia se concretaron en 1849, cuando se fundaron dos partidos dominados por la elite criolla: los conservadores, con tendencias centralistas, y los liberales, con aspiraciones federalistas. Los partidos dividieron la nación en dos bandos opuestos, lo que terminó por desatar la insurrección, el caos civil y la guerra. Durante el siglo XIX, el país sufrió nada menos que 50 levantamientos y ocho guerras civiles, que culminaron en 1899 con la sangrienta guerra de los Mil días.
Tras un período de relativa paz, la lucha entre conservadores y liberales volvió a estallar en 1948 con La Violencia, la más cruel y devastadora de las muchas guerras civiles colombianas. Cerca de trescientas mil personas murieron en este conflicto, en el que los conservadores trataron de consolidar una nueva era de dominación. Cuando se hizo evidente que el enfrentamiento desarrollaba tendencias revolucionarias, ambos partidos decidieron apoyar un golpe militar, como la mejor forma de conservar el poder y controlar al creciente grupo de rebeldes establecidos en las zonas rurales. El golpe de Estado resultante, a cargo de Gustavo Rojas en 1953, fue la única intervención militar que se produjo en Colombia en el siglo XX. Pero fue breve, ya que terminó en 1957, cuando liberales y conservadores se pusieron de acuerdo, esta vez en la piel del Frente Nacional, para compartir el poder durante los 16 años siguientes.
El Frente Nacional desapareció formalmente en 1974 con la elección del presidente liberal Alfonso López Michelsen, pero durante 17 años más prevaleció una versión modificada del sistema bipartidista. Mientras tanto, el monopolio político provocó la emergencia de varios grupos guerrilleros de izquierda, como el Ejército de Liberación Nacional (ELN), las Fuerzas Armadas Revolucionarias Colombianas (FARC) y el Movimiento 19 de abril (M19). Si bien no lograron derrocar al gobierno, minaron su capacidad para gobernar.
Otra amenaza significativa fue la aparición de escuadrones de paramilitares que atacaban a cualquier grupo, independientemente de cuál fuera su adscripción política, que pretendiera oponerse a los poderosos cárteles de la droga de Medellín y Cali. En 1990, la escalada de violencia, cada vez más dirigida contra miembros de la clase política gobernante, amenazó con provocar la paralización del país. En 1991, entró en vigor una nueva constitución, que proporcionó mayores poderes a la judicatura y reforzó el control del gobierno. En junio de ese mismo año, Pablo Escobar, jefe del cártel de Medellín y presunto cerebro de la sangrienta campaña de terror, se rindió. Un año más tarde huyó, aunque en diciembre de 1993 fue finalmente localizado y asesinado.
El tráfico de drogas sigue creciendo (gentileza del pragmático cártel de Cali) y, en la actualidad, tiene unos beneficios anuales de unos 5.000 millones de dólares. En junio de 1995, la detención de Gilberto Rodríguez Orejuela, jefe del cártel de Cali, fue un tanto que se apuntó el gobierno, pero esto no consiguió alterar la dinámica del tráfico de drogas en Colombia. Incluso, el entonces presidente Ernesto Samper se vio obligado a dedicar la mayor parte de sus últimos años en el cargo a refutar las acusaciones de que el dinero de la droga había financiado su campaña electoral. En junio de 1998, el sucesor de Samper, también del Partido Liberal, Horacio Serpa, perdió las elecciones presidenciales frente al conservador Andrés Pastrana, que en 1994 levantó la liebre sobre las conexiones de Samper con el cártel de Cali.
Según el SIPRI (Instituto Internacional de Investigación Sobre la Paz), el conflicto interno de Colombia figura entre los diez más sangrientos del mundo. El gobierno ha suspendido las conversaciones de paz con la guerrilla de forma indefinida. En 2000, Estados Unidos aprobó destinar 1.300 millones de dólares para ayudar al gobierno colombiano en su lucha contra la guerrilla.
En las elecciones presidenciales de 2002, el político independiente Álvaro Uribe obtuvo una victoria arrolladora, confirmando de este modo el momento crítico en que se encontraban los partidos tradicionales. Tenaz adversario de las guerrillas, Uribe sobrevivió a 15 intentos de asesinato incluso antes de acceder a la presidencia. Sorprendió al país nombrando a seis mujeres entre los trece miembros de su gabinete y durante sus primeros meses en el cargo los enfrentamientos con la guerrilla se intensificaron. Uribe inició el año 2003 con un asombroso apoyo popular del 75%.
En octubre 2003, 14 de sus 15 rígidas propuestas fueron denegadas en referéndum. Sin embargo, continua siendo muy popular y se mantiene firme contra las guerrillas. Ha pedido más ayuda a EE UU, y en su plan de seguridad de junio de 2003 dió especial importancia a erradicar los cultivos de droga y a reforzar la seguridad. En mayo de 2004, un lider de las FARC (el más importante capturado) fue condenado a 35 años de cárcel.
Singular aliado latinoamericano de EE UU, Uribe ha sido muy popular en su país, y hasta sus críticos más tenaces reconocen los progresos largamente esperados que se han logrado durante su mandato. Entre el 2002 y 2008, los asesinatos cayeron un 40%, las autopistas volvieron a ser seguras sin el control de las FARC, y su luz verde en el 2008 para el exitoso rescate de víctimas de secuestros, como la política Ingrid Betancourt, contribuyeron en gran medida a que el índice de aprobación del presidente se situara en un 80%.
Con todo, no siempre las noticias han sido gratas para Uribe. Los escándalos le persiguieron durante su primer mandato, y también a lo largo del segundo, tras una controvertida enmienda a la Constitución que admitía dos mandatos consecutivos. Hacia el 2008, tras sus contiendas públicas con el Tribunal Supremo colombiano, 60 congresistas habían sido detenidos o interrogados por supuestos vínculos parapolíticos con los paramilitares.
Juan Manuel Santos alcanzó la presidencia en agosto de 2010, pese a que los sondeos encumbraban al líder del Partido Verde, Antanas Mockus. Los retos a los que tendrá que enfrentarse son la lucha contra la crisis económica, el combate y la pacificación de las guerrillas y el control de las armas del ejército y la prevención de nuevas formas de violencia.