Existen vestigios de presencia humana desde hace aproximadamente catorce mil años, cuando llegaron a América del Sur nómadas asiáticos, a quienes posteriormente se les sumaron colonizadores polinesios. Siglos de expansión tribal, guerras y alianzas dieron como resultado el relativamente estable linaje Duchicela, que gobernó en relativa paz durante unos 150 años hasta la llegada de los incas, alrededor del 1450 d.C.
A pesar de una feroz oposición, los conquistadores incas pronto se apoderaron de la zona, ayudados por un fuerte liderazgo y políticas de matrimonios mixtos. La disputa por la herencia del nuevo reinado debilitó y dividió la región poco antes de la llegada de los españoles, que se produjo en 1526 en el norte de Ecuador.
Pizarro desembarcó en 1532 y extendió el terror entre los indígenas mediante la infraestructura militar de sus conquistadores. El líder inca, Atahualpa, víctima de una emboscada, fue juzgado y ejecutado, y finalmente el imperio inca fue completamente destruido. Quito resistió durante dos años más, pero el general de Atahualpa, Rumiñahui, prefirió arrasar la población antes que dejar que cayera intacta en manos de los españoles. La ciudad fue refundada en diciembre de 1534. En la actualidad, el único vestigio arqueológico inca que se conserva íntegro en Ecuador es la gran construcción Ingapirca, al norte de Cuenca.
Los indígenas ecuatorianos no protagonizaron levantamientos importantes, pese a las duras condiciones de vida bajo el dominio español. La colonia estuvo gobernada desde Lima (Perú) hasta 1739, cuando se transfirió al virreinato de Colombia. En ese momento, el país era principalmente rural y conservador, con grandes fincas de ganado y de bananas cultivadas por indígenas esclavizados.
A medida que empezó a surgir una clase media criolla se produjeron varios intentos para liberar Ecuador del dominio español y, tras las revueltas iniciadas a finales del siglo XVIII, se consiguió la independencia en 1822. La soberanía constitucional plena se estableció en 1830, cuando Simón Bolívar fundó la actual república independiente. La historia interna del país ha estado marcada desde entonces por la feroz rivalidad y ocasional guerra abierta entre los conservadores de Quito, apoyados por la Iglesia, y los liberales y socialistas de Guayaquil.
Durante los últimos cien años, los sucesivos golpes de estado hicieron prevalecer los períodos de gobierno militar por encima del gobierno civil. En 1941, Perú invadió Ecuador, apoderándose de gran parte de la zona amazónica del país. La nueva frontera -inicialmente acordada y ratificada por el protocolo de paz de Río de Janeiro de 1942- fue finalmente reconocida por ambos países en 1998.
A pesar de las rivalidades internas, los conflictos fronterizos y seis presidentes en menos de seis años, la vida en Ecuador se ha mantenido en relativa paz hasta el final del milenio. En un intento por detener el declive de la moneda ecuatoriana, el sucre, que perdió un 75 por ciento de su valor en menos de un año, el presidente Jamil Mahuad anunció el 10 de enero de 2000 la impopular medida de dolarizar la economía, sustituyendo el sucre por el dólar estadounidense a un tipo de cambio de 25.000 sucres por dólar. Tras dicho anuncio, miles de manifestantes no violentos, incluyendo muchos líderes indígenas que denunciaban la política económica neoliberal, ocuparon los edificios gubernamentales en Quito y forzaron la dimisión de Mahuad.
El vicepresidente Gustavo Noboa tomó posesión de la presidencia el 22 de enero y fue presentado como uno de los escasos políticos honestos en un país donde la corrupción es habitual. En sus primeras declaraciones manifestó su voluntad de eliminar la corrupción política y de mantener la dolarización. Aplicó con celeridad discutibles políticas económicas de ajuste estructural provenientes del Fondo Monetario Internacional (FMI), ante la creciente oposición de los indígenas y de las clases trabajadoras. Tras las elecciones presidenciales de 2003, el líder del Partido Sociedad Patriótica 21 de Enero, Lucio Gutiérrez Borbúa, asume la presidencia de la República.
La agitación política presenta aspectos tanto positivos como negativos para quienes visiten el país. Entre las ventajas destaca el mantenimiento de los precios a niveles módicos; por lo que respecta a las desventajas, se centran en las protestas que a menudo bloquean las carreteras y dificultan el transporte por tierra. Las islas Galápagos permanecen ajenas a esta situación, aunque la marea negra de más de 350.000 litros causada por el petrolero ecuatoriano Jéssica en enero de 2001, cerca de la costa de la isla de San Cristóbal, provocó que muchos turistas cancelaran su viaje.
En 2005 Gutiérrez fue sustituido por su vicepresidente, Alfredo Palacio, un hombre que se describía a sí mismo como “un simple doctor” y que centró su atención en los problemas sociales. Para financiar programas de salud y educación, anunció que usaría de otro modo los beneficios del petróleo, que hasta entonces se habían dedicado exclusivamente a la deuda externa. Un socio esencial en este empeño fue Rafael Correa, un economista educado en EE UU que ocupó el cargo de ministro de Economía y que terminó dimitiendo cuando el Banco Mundial denegó un crédito al gobierno.
Correa se aupó como un humanista, un ferviente católico de izquierdas y un defensor del socialismo del siglo XXI. En 2006 alcanzó la presidencia del país y volvió a centrarse en usar la industria petrolífera para mejorar la situación social del país. Además, ha criticado la adopción del dólar y ha insinuado que Ecuador regresará al sucre cuando sea económicamente viable.