Los primeros habitantes de Filipinas llegaron al país hace trescientos mil años, probablemente cruzando un paso terrestre que lo unía con el continente asiático. Los aetas arribaron hace veinticinco mil, pero fueron expulsados por sucesivas oleadas de inmigrantes procedentes de Indonesia, a las que siguió la llegada por mar de nativos de Malasia. En 1380 los makdum, de origen árabe, se establecieron en el archipiélago de Sulú y formaron lo que llegaría a convertirse en un poderoso enclave islámico, que ejerció una influencia relevante durante los siglos siguientes.
Fernando Magallanes atracó en 1521 y reivindicó las islas en nombre de España. Sin embargo, fue asesinado por los jefes locales, que se oponían a sus pretensiones. A Magallanes le siguió Ruy López de Villalobos en 1543, que bautizó estas tierras como Filipinas en honor a Felipe II. La ocupación española permanente se inició en 1565; seis años después todo el país, excepto el archipiélago musulmán de Sulú, se encontraba bajo dominio español.
En el siglo XIX se inició un movimiento de independencia y los filipinos lucharon junto a los estadounidenses en la guerra hispanoamericana de 1898. Tras la derrota española, el general Aguinaldo declaró la independencia de Filipinas. Sin embargo, Estados Unidos compró las islas al gobierno español por 20 millones de dólares. Finalmente aceptaron la reivindicada independencia del pueblo filipino y, en 1935, como fase previa a la independencia definitiva, Manuel L. Quezón juró su cargo como presidente de la Commonwealth filipina. En 1942 Japón invadió el país y mantuvo su control hasta que Estados Unidos lo ocupó de nuevo dos años más tarde. En 1946 Filipinas obtuvo la plena independencia.
Ferdinand Marcos fue elegido presidente en 1965. Siete años más tarde declaró la ley marcial y gobernó como dictador hasta 1986. Su régimen sufrió los ataques tanto de los comunistas como de las guerrillas musulmanas y el presidente fue acusado de fraude y de amañar las elecciones. El asesinato en 1983 del líder de la oposición Benigno Aquino provocó protestas multitudinarias contra el gobierno. En 1986 se celebraron unas elecciones en las que los partidos de la oposición se unieron en torno a la viuda de Aquino, Corazón. A pesar de que ambos partidos reclamaron la victoria, Aquino tomó las riendas del poder. Inició un programa de agitación civil no violenta que provocó la huida de Marcos.
Aquino restableció las instituciones democráticas, pero los problemas económicos, el ejército y la poderosa elite filipina supusieron un lastre en su mandato. La influencia estadounidense sobre el país menguó tras la erupción del monte Pinatubo en 1991, que destruyó la base aérea estadounidense de Clark. Además, el senado filipino rechazó ratificar el arrendamiento de la base naval de la bahía Subic. Aquino resistió a siete golpes de estado a lo largo de sus seis años de mandato y en 1992 le sucedió su ministro de Defensa Fidel Ramos, que intentó revitalizar la economía, atraer la inversión extranjera, acabar con la corrupción y ampliar las infraestructuras.
El gobierno filipino y el Frente Moro de Liberación Nacional (FMLN) firmaron un acuerdo de paz en septiembre de 1996, poniendo fin, al menos de manera formal, a 24 años de guerra por la independencia en Mindanao. El acuerdo preveía conceder una considerable autonomía al FMLN en muchas provincias de Mindanao. Sin embargo, la paz no parece fácil de alcanzar en la zona a causa de la aparición de un grupo disidente, el Frente Moro de Liberación Islámica (FMLI), que se opone al pacto. Por el momento, el gobierno sigue realizando operaciones militares en las zonas ocupadas por el FMLI en Basilan y Sulú.
En 1998 Ramos fue sustituido en su cargo por Joseph Estrada, una antigua estrella del cine de acción. Prometió grandes mejoras económicas y en efecto las cumplió, pero tan sólo en beneficio propio. A finales del año 2000 fue acusado y juzgado por recibir sobornos de los sindicatos del juego. El pueblo se lanzó a las calles de Manila en protestas multitudinarias.
El 19 de enero de 2001 Estrada cedió ante el clamor popular y dimitió; al día siguiente su ex vicepresidenta, Gloria Macapagal Arroyo, juró el cargo como nueva presidenta de la República de Filipinas. En su discurso inaugural prometió acabar con la pobreza y la corrupción. Además, renunció a conceder la amnistía a Estrada y dejó así que fueran los tribunales quienes decidieran su suerte. Está acusado de perjurio y de amasar de forma poco honrada una fortuna de mil millones de pesos. Desde entonces, la presidencia de Arroyo se ha visto sometida a duras pruebas.
Diversos movimientos separatistas del Sur se han vinculado al terrorismo global, lo que ha provocado que EE UU envíe ayuda militar. El intento de golpe de estado militar del 27 de julio de 2003 desveló las tensiones latentes bajo la superficie del país. Un punto muerto que duró 20 horas terminó cuando Arroyo propuso un ultimátum de cinco horas. En junio de 2004 ganó un segundo mandato como presidenta.