Es probable que los primeros habitantes del archipiélago indonesio procedieran de India o Birmania. En 1890, se hallaron fósiles del Hombre de Java (Homo erectus), de unos quinientos mil años de antigüedad, en Java Oriental. Posteriormente, alrededor de 3000 a.C., los malayos del sur de China y de Indochina poblaron el archipiélago. En Java y Sumatra aparecieron comunidades más poderosas, como el imperio budista srivijaya y el reino hinduista mataram a finales del siglo VII. El último reino hindú de importancia fue el mayapahit, fundado en el siglo XIII. En el siglo XIV, la expansión del islam por el archipiélago obligó al pueblo mayapahit a retirarse a Bali en el siglo siguiente.
En aquella época, ya se había formado un fuerte imperio musulmán centralizado en Melaka (Malaca), en la península Malaya. Su influencia resultó efímera y cayó bajo el dominio portugués en 1511. Los holandeses desplazaron a los portugueses e iniciaron sus incursiones en Indonesia. La Compañía holandesa de las Indias Orientales, con base en Batavia (Yakarta), dominaba el comercio de especias, y controló Java a mediados del siglo XVIII, cuando ésta se hallaba en decadencia. Los holandeses la dominaron a principios del siglo XIX e incluyeron en sus dominios todo el archipiélago -Aceh y Bali incluidas- a principios del XX.
Entre el nacionalismo creciente y la ocupación japonesa del archipiélago durante la II Guerra Mundial, la resolución de los holandeses se quebró, y finalmente transfirieron la soberanía a la nueva República de Indonesia en 1949. Achmed Soekarno, el principal defensor del autogobierno desde principios de la década de 1920, fue nombrado presidente. En 1957, después de un período de democracia parlamentaria sin rumbo, Sukarno disolvió el parlamento, declaró la ley marcial e inició un estilo de gobierno más autoritario, que definía con el eufemismo de democracia guiada. Ya al mando, Sukarno consolidó su poder mediante la construcción de monumentos y la socialización de la economía, una decisión que aumentó el abismo entre ricos y pobres y que dejó a gran parte de la población al borde de la inanición. Estallaban rebeliones en Sumatra y en Célebes, Malasia e Indonesia se aproximaban peligrosamente a una confrontación directa, y la inestabilidad aumentaba. En 1965 se vivió un intento de golpe de estado (supuestamente realizado por un grupo comunista) que amenazó la permanencia de Sukarno en el poder.
El presidente salió victorioso de esta situación, pero fue derrotado cuando el general Soeharto, responsable de aplastar el golpe de estado, le arrebató la presidencia en 1966. Soeharto introdujo un proyecto de cambios políticos, pero las promesas de reforma económica y de mayor transparencia en el gobierno pronto degeneraron en un nepotismo, amiguismo y gastos desmesurados, junto con la brutal matanza de los nacionalistas timorenses orientales de Dili en 1975. En marzo de 1998, Soeharto se encontraba totalmente aislado del pueblo y anunció que únicamente se mantendría cinco años más en el cargo. No llegó a cumplirlos pues, a finales de mayo de ese año, su puesto fue ocupado por el vicepresidente Jusuf Habibie.
Habibie, que nunca había gozado de gran popularidad, reiteró en las mismas promesas de reforma, e incluso parecía predispuesto a conceder la independencia de Timor Oriental. La postura intransigente con respecto a estas tierras provocaron una reacción en cadena y la violencia sectaria, las protestas estudiantiles y las crecientes demandas de independencia se reprodujeron en Ambón, Borneo (Kalimantan) e Irian Occidental (Irian Jaya). Diversos grupos paramilitares de delincuentes, controlados y financiados por el ejército indonesio según la creencia general, se revelaron en Timor Oriental después del referéndum de 1999, concluido con una abrumadora mayoría de votos a favor de la independencia. Las fuerzas policiales locales y parte del ejército fueron enviados para aplastar otras rebeliones; los estudiantes contestatarios eran asesinados en las calles, y el país se convirtió en un infierno.
Después de muchos actos de diplomacia internacional, la Organización de las Naciones Unidas y Australia intervinieron: la ONU envió un número simbólico de tropas para demostrar su desaprobación ante los métodos indonesios, mientras que Australia mandó un contingente considerable de su ejército a Timor Oriental. Indonesia lo consideró un acto de agresión y de intromisión en su política interior, y la situación alcanzó un alto grado de tensión. Se lanzaron amenazas veladas y contraamenazas, pero ninguna se llevó a la práctica. Finalmente, cuando se calmó el ambiente, Timor Oriental había recibido el autogobierno de las ruinas aún recientes de su propio país; Habibie se había retirado de la escena; detentaba el poder D. Abdurrahman Wahid, el primer presidente elegido democráticamente; había dimitido el general Wiranto, cabeza del ejército indonesio; los grupos paramilitares se habían mezclado de nuevo con los habitantes de Yakarta; la rupia seguía inestable; y las relaciones entre Indonesia y Australia permanecían tensas e intermitentes, pero mejoraron ligeramente. El 23 de julio de 2001 el parlamento indonesio destituyó al presidente Wahid por incompetencia y corrupción, y fue reemplazado por la vicepresidenta Megawati Sukarnoputri, hija de Sukarno. Megawati, logró la estabilidad social y el crecimiento económico. Sin embargo, no pudo combatir la corrupción legislativa.