Hasta principios del siglo XX Jordania perteneció a Palestina, la mayor parte de la cual forma en la actualidad el estado de Israel. La zona es el origen de uno de los pueblos más antiguos del mundo: los hallazgos arqueológicos de la orilla occidental del río Jordán han sido datados cerca del 9000 a.C. Desde el año 3000 a.C. estuvo habitada por los cananitas y los amorritas, y después de ellos por los ejércitos de Sargón, rey de Sumeria y Acad. Abraham condujo a un grupo de nómadas desde Mesopotamia y se instaló en las montañas de Caná (aproximadamente el actual Israel). Hacia 1023 a.C. los israelitas crearon un reino, gobernado primero por Saúl y luego por David, entraron en Jerusalén e hicieron de ella su capital. Roma tomó Israel en el año 63 a.C. y lo puso bajo el control de una serie de gobernadores, como Poncio Pilatos. Se cree que fue en esta época en la que Jesús vivió y predicó. La creciente irracionalidad del Imperio bajo el poder de Calígula impulsó una serie de revueltas de los judíos, que duraron años, cesaron sólo cuando Jerusalén fue arrasada. Esta derrota marcó el fin del estado judío y el inicio de la Diáspora, la dispersión de la mayoría de ellos.
A principios del siglo IV d.C., el emperador Constantino se convirtió al cristianismo. Este hecho despertó una gran curiosidad por Tierra Santa, donde muchos peregrinaron y surgieron una serie de edificaciones, financiadas por los más adinerados, como las iglesias del Santo Sepulcro y la Natividad, de marcada importancia religiosa. Pero el predominio de la cristiandad en el país no iba a durar mucho: en el año 638 Jerusalén cayó a manos del califa Omar y fue declarada Ciudad Sagrada del Islam, basándose en la creencia de que el profeta Mahoma había ascendido a los cielos desde la cima de la montaña del Templo. Los cristianos reaccionaron contra tamaño sacrilegio y hacia el año 1099 reunieron un ejército de cruzados y ocuparon Jerusalén, e iniciando cerca de cien años de gobierno cristiano. Pero aproximadamente en 1187 los musulmanes volvieron a levantarse, y después de décadas de disputas, los mamelucos islámicos derribaron el último bastión de los cruzados en 1291.
Los quinientos años siguientes fueron pacíficos. Los imperios subían y caían, y los gobiernos cambiaban de manos con regularidad, finalmente sucumbieron ante el imperio otomano. Gran parte de la Jordania desértica se mantuvo al margen de estos cambios, y permaneció como una plaza fuerte de los beduinos. Cuando los otomanos declinaron tras la I Guerra Mundial, Gran Bretaña tomó el control de Palestina y creó el emirato de Transjordania bajo el mandato del rey Abdullah.
En 1948 árabes e israelíes se declararon la guerra. Mientras todos estaban distraídos, Transjordania se hizo con la Orilla Occidental y parte de Jerusalén, y se rebautizó como Jordania. En 1953 el rey Hussein subió al trono y Jordania empezó a vivir un período de esplendor, con un incremento del turismo y ayuda procedente de Estados Unidos. La guerra de los Seis Días de 1967 puso freno a la industria turística jordana, cuando Israel recuperó la Orilla Occidental y la mitad de Jerusalén. En seis días, Jordania perdió su máquina de hacer dinero y sus terrenos agrícolas, y se encontró con unos cuantos miles de refugiados palestinos que huían de los Territorios Ocupados. A principios de la década de 1970, una facción de la OLP, refugiada en Jordania, amenazó el poder del rey Hussein y estalló una guerra interior, que acabó cuando los palestinos más radicales se marcharon al Líbano.
En 1994 Jordania e Israel firmaron un tratado de paz por el que acordaban poner fin a las barreras económicas y cooperar en asuntos de seguridad y agua. Eso preocupó a los palestinos, que temían ser expulsados de la región. Al mismo tiempo, Jordania fue intensificando sus lazos con la Autoridad Nacional Palestina de Yasir Arafat. Recientemente ha restablecido también sus relaciones, interrumpidas durante la guerra del Golfo de 1991, con Kuwait y Arabia Saudí. El rey Hussein empezó a llevar el país hacia la democracia mediante el Frente de Acción Islámica (con sus conexiones con la Hermandad Musulmana y una política ligeramente fundamentalista), el partido más popular hasta entonces, pero su muerte en febrero de 1999 ha dejado un futuro incierto. El rey nombró a su hijo mayor, el rey Abdullah II, como su sucesor al trono semanas antes de morir, a pesar de que la Constitución estipula que los dos progenitores del rey deben ser árabes y musulmanes por nacimiento (la madre de Abdullah era una ciudadana británica que abrazó el islam antes de casarse con el rey Hussein), y de que el regente y heredero oficial del monarca fuese su hermano, Hasán.
El rey Abdullah dispone del creciente apoyo de la comunidad internacional y de la mayoría de los jordanos, incluida la amplia comunidad palestina, que aprecia la procedencia palestina de su esposa. Manifiesta que va a continuar la misión de su padre: contribuir a la estabilidad de la zona, conseguir un gobierno más democrático, una prensa más libre e igualdad para las mujeres.
Con las primeras elecciones independientes, en 2003, los candidatos realistas independientes consiguieron la mayor parte de los escaños. Pero se notaba que la política exterior conciliadora jordana estaba bajo presión. En octubre de 2002 fue asesinado un diplomático estadounidense en Amman, y la embajada jordana en Bagdad fue bombardeada en agosto de 2003, causando 11 muertos. Al cabo de un mes, el banco central cambió su decisión de congelar las cuentas bancarias de Hamas.
En noviembre de 2005, tres atentados contra hoteles de lujo, se cobran la vida de 57 personas.