La población malgache constituye una mezcla de un pueblo negroafricano (proveniente del este de África) y de un pueblo malayopolinesio (seguramente originario de Indonesia y el Sureste asiático), que habita la isla desde hace unos mil quinientos o dos mil años, aunque los hallazgos arqueológicos de objetos de piedra apuntan a la posible existencia de una cultura anterior. Tras el establecimiento de ambas poblaciones en la isla fueron llegando con el paso del tiempo esclavos africanos, comerciantes árabes, indios y portugueses, piratas europeos y colonos franceses, hasta formar los denominados 18 clanes oficiales que habitan en la actualidad en Madagascar. Los primeros malgaches trajeron consigo los cultivos propios de su región del Sureste asiático; las actuales zonas agrícolas, con sus interminables arrozales, recuerdan más a Asia que a África.
Marco Polo ya citó la existencia de la isla en el relato de sus viajes, e igualmente era conocida por los cartógrafos árabes. Los portugueses se convirtieron en los primeros europeos en llegar, con una flota al mando de Diego Dias en 1500. En los siglos posteriores pasaron por Madagascar portugueses, holandeses y británicos, sin establecer ninguna base duradera, hasta que a partir del siglo XVII los piratas consiguieron lo que no había logrado ninguno de sus gobiernos: aportaron botines, tesoros enterrados y genes a la población local, especialmente en la zona de Île Ste-Marie. En la época en que empezaba a combatirse la piratería en el Caribe, más de un millar de corsarios ingleses, franceses, portugueses, holandeses, americanos y de otros orígenes se establecieron en la costa este de Madagascar para utilizarla como base de operaciones y atacar las naves que doblaban el cabo de Buena Esperanza.
El aumento del comercio de armas y esclavos auspiciado por los europeos provocó el auge de los reinos malgaches, surgiendo de este modo pequeños estados rivales. Hacia finales del siglo XVIII, el clan merina había impuesto su dominio. En 1820 los británicos firmaron un tratado en el que reconocían a Madagascar como estado independiente bajo el control de los merinas. La influencia británica se mantuvo hasta bien entrado el siglo XX, pero a partir de 1883 Francia se había convertido en el único poder europeo reconocido en Madagascar (a cambio del reconocimiento de la soberanía británica en Zanzíbar por parte de los franceses).
En 1896, la isla fue finalmente anexionada por los franceses, que establecieron una administración colonial bajo la dirección del general Joseph Gallieni como primer gobernador general. En 1897, exilió a la reina Ranavalona III, aboliendo de esta forma la monarquía. Igualmente, intentó suprimir toda influencia británica y acabar con la lengua malgache, declarando el francés como idioma oficial. Aunque, en teoría, los franceses habían abolido la esclavitud en la isla, en la práctica el régimen fiscal constituía una fuerza tan represiva, que aquellos que no podían pagar los impuestos eran condenados a trabajos forzados. La tierra fue expropiada por compañías y colonos extranjeros, desarrollándose así una economía de importación y exportación basada en las plantaciones de café.
Durante la II Guerra Mundial, al pasar la administración francesa a manos de los colaboracionistas de Vichy, Gran Bretaña respondió con una invasión, supuestamente para evitar que Japón utilizara Madagascar como base militar en el océano Índico. Los británicos devolvieron el poder a los franceses libres de De Gaulle en 1943. Finalizada la contienda, Madagascar experimentó una reacción nacionalista: numerosos malgaches, educados según criterios franceses y las nociones de libertad, igualdad y fraternidad, ya no estaban dispuestos a estar considerados ciudadanos de segunda categoría en su propio país. La rebelión de 1947 fue sofocada con una dura represión francesa, que costó miles de vidas malgaches (posiblemente unas ochenta mil), pero el sistema ya empezaba a resquebrajarse.
En la década de 1950 surgieron diversos partidos políticos y, cuando De Gaulle volvió al poder en Francia en 1958, los malgaches votaron por una república autónoma amparada por la comunidad de territorios franceses de ultramar. La isla disfrutó de una transición pacífica hacia la independencia de 1960, aunque los colons, como se seguía denominando a la población de origen francés, se mantenían en una posición destacada. El primer presidente, Philibert Tsiranana, auspició un modelo represivo en su gobierno, y aun siendo un merina (clan de tendencia socialista), se negó a establecer relaciones con ningún país comunista. En 1972, sofocó con violencia una revuelta en el sur del país, marcando de esta forma el principio de su declive. Poco después dimitió y concedió plenos poderes al general Gabriel Ramanantsoa.
Desde su independencia, la economía de Madagascar inició una paulatina recesión, que se aceleró con la retirada de la Communauté Financière Africaine (CFA), cuando la comunidad agrícola francesa decidió marcharse, llevándose consigo su capital, sus métodos y su tecnología. Una rápida sucesión de generales en la presidencia, uno de los cuales fue asesinado apenas una semana después de ocupar su cargo, no consiguió mejorar la situación económica. Un grupo de oficiales liderados por el almirante Didier Ratsiraka trató de salvar la nave, nacionalizando los bancos y otras grandes empresas sin compensación. Los franceses que permanecían en la isla abandonaron el país con todas sus pertenencias, capital y credenciales.
Hacia finales de la década de 1970, Madagascar se había desligado por completo de Francia y su gobierno cortejaba seriamente a los países comunistas; incluso Ratsiraka publicó su propio libro rojo de políticas y teorías de gobierno. Para hacer frente a la crisis económica, el gobierno se vio obligado a seguir las imposiciones dictadas por el FMI, basadas en una nueva política de austeridad. Con estas medidas la situación mejoró ligeramente, pero de nuevo se sufrió un nuevo deterioro. Ratsiraka venció en las elecciones de marzo de 1989; las acusaciones de fraude por parte de sus adversarios provocaron disturbios. A éstos les siguieron, en 1991, nuevos enfrentamientos, cuando la guardia presidencial, entrenada en Corea del Norte, asesinó a unos manifestantes ante el opulento nuevo palacio de Ratsiraka (construido también con ayuda de ese mismo país).
Los primeros años noventa trajeron consigo el descontento civil. Tras una legislatura de cuatro años a cargo del profesor Albert Zafy, incapaz de unir el país ni sobreponerlo a tantos años de desgobierno burocrático, Ratsiraka se hizo inesperadamente con el triunfo en los comicios de 1996. El hecho de que apenas el 25% de los 6,5 millones de votantes censados se molestara en ir a votar indica la escasa confianza que conservan los malgaches en la política. En 1998 se proclamó una nueva constitución que otorgaba a Ratsiraka mayores poderes a la hora de elegir a los miembros del gobierno.
A principios de 2000, Madagascar fue arrasado por devastadores huracanes que, además de causar inundaciones y una destrucción masiva, provocaron más de ciento treinta víctimas y dejaron a más de diez mil personas sin hogar.
Los resultados de las elecciones presidenciales de diciembre de 2001 fueron dudosos, pues tanto Ratsiraka como Ravalomanana reclamaban la victoria. Después de muchas protestas y huelgas multitudinarias, Ravalomanana se declaró a sí mismo presidente en febrero de 2002 y se estableció en la capital, Antananarivo, mientras que Ratsiraka y sus fuerzas se trasladaban a la ciudad portuaria de Tamatave. Ratsiraka huyó a París meses después, aunque las fuerzas que le son leales siguen activas, a veces impidiendo el abastecimiento de la capital. Ravalomanana derrotó ampliamente a la oposición en las elecciones de diciembre de 2002, asegurándose la legitimidad que precisaba.
El nuevo presidente asumió la reforma de la decrépita economía nacional, y anunció subidas de sueldos a los políticos en un esfuerzo de acabar con la corrupción. Tocó las teclas adecuadas en el Banco Mundial que, junto con Francia y EE UU, prometieron una ayuda total de 2300000000,00. Ellos, como millones de malgaches, tenían la esperanza de que Ravalomanana, un millonario hecho a sí mismo, podría aprovechar al fin el potencial económico de Madagascar.
En diciembre de 2004, el tsunami del océano Índico llegó a la costa oriental de Madagascar, destruyendo infraestructuras y dejando a unas mil personas sin hogar.