Los aborígenes malayos (orang asli) descendieron hacia la península de Malaca desde el suroeste de China hace unos diez mil años. La península estuvo bajo el dominio de los reinos Funan (de Camboya), Sriviyaja (de Sumatra) y Majapahit (de Java), antes de la llegada de los chinos en el año 1405; el islamismo se introdujo en Malaca aproximadamente al mismo tiempo y se difundió con rapidez. Su prosperidad atrajo con rapidez a las potencias europeas, y los portugueses se hicieron con el control de la región en 1511, seguidos por los holandeses en 1641. Los británicos establecieron un puerto próspero en Penang en 1786 y ocuparon Malaca en 1795.
Gran Bretaña colonizó el interior de la península tras el descubrimiento de estaño. La parte insular de la actual Malasia pasó a manos británicas por medio del aventurero Charles Brooke (nombrado rajá de Sarawak en 1814 tras sofocar una rebelión contra el sultán de Brunei) y de la Compañía de Borneo del Norte (que administró Sabah a partir de 1882). Gran Bretaña asumió formalmente el gobierno de Sabah y Sarawak después de la II Guerra Mundial. La mano de obra indígena se mostraba insuficiente para cubrir las necesidades de las industrias del caucho y el estaño, y los colonizadores introdujeron en el país a un gran número de indios, lo que alteró la mezcla de etnias de la península.
Japón invadió la península de Malaca durante la II Guerra Mundial. Las guerrillas comunistas, que habían combatido la ocupación japonesa, emprendieron en 1948 una lucha armada contra el dominio británico, y la península logró independizarse en 1957. Sabah, Sarawak y Singapur se agruparon con Malasia para formar la Federación de Malasia en 1963, pero dos años más tarde Singapur se retiró de la confederación. Filipinas e Indonesia se opusieron a la formación de Malasia, ya que ambas reclamaban territorios de Malasia Oriental.
La tensión aumentó en 1963 durante la confrontación con Indonesia. Tropas indonesias cruzaron las fronteras malasias pero fueron repelidas por fuerzas malasias y de la Commonwealth. En 1969, violentos disturbios se desataron entre malayos y chinos, si bien desde entonces los grupos étnicos del país han convivido en relativa armonía. La Organización Nacional Malaya Unida (UMNO según sus siglas en inglés) se ha mantenido en el poder desde 1974. El primer ministro, Dr. Mahathir Mohamad, a quien le gusta ejercer influencia en los foros internacionales en su papel de líder panasiático, presidió una economía boyante hasta 1997, cuando la inestabilidad de las divisas asiáticas arrastró al ringgit.
En septiembre de 1998, Malasia fue la anfitriona de los Juegos de la Commonwealth, pero fracasó la imagen de su organización debido a las protestas de estudiantes y ciudadanos contra la injusta destitución y posterior detención del viceprimer ministro Anuar Ibrahim. Reiteradas protestas callejeras exigiendo la renuncia del Dr. Mahathir Mohamad han dañado la reputación de Malasia como uno de los países políticamente más estables del sureste asiático. Con la llegada del siglo XXI, las revueltas sociales parecen haberse apagado y la economía malasia ha recuperado a duras penas su puesto, aunque sigue algo debilitada.
El Dr. Mahathir Mohamad fue una figura polémica hasta el final. Justo antes de su dimisión, en octubre de 2003, después de 20 años en el poder, el primer ministro participó en una reunión de países musulmanes con Malasia como anfitriona y les exhortó a colectivizarse contra una supuesta conspiración judía mundial. Su sustituto, Abdullah Ahmad Badawi, ganó holgadamente las elecciones de marzo de 2004. En agosto de 2004, el tribunal supremo nacional confirmó la apelación de Anwar Ibrahim de su sentencia y fue puesto en libertad.