Los primeros habitantes del sur de África fueron los san, un pueblo nómada organizado en amplios grupos familiares que podía adaptarse a los terrenos más inhóspitos. Posteriormente, las comunidades san se vieron sometidas a la presión de los hotentotes, una tribu que se dedicaba principalmente a la cría de ganado, y cuyos integrantes figuran entre los primeros ceramistas. Desplazaron gradualmente a los san, y dominaron Namibia hasta alrededor del año 1500 d.C. Los descendientes de ambos clanes permanecen en el país, pero pocos han conservado las formas de vida tradicionales. Entre 2.300 y 2.400 años atrás, aparecieron los primeros bantúes en las mesetas centrales del sur de Namibia. Su llegada configuró las primeras estructuras tribales en las sociedades del sur de África. Otras tribus se retiraron bien al desierto bien a las marismas del delta del Okavango, o fueron esclavizadas por la sociedad bantú.
Dado que Namibia posee una de las costas más áridas e inhóspitas del planeta, apenas fueron exploradas por los europeos. Los primeros visitantes blancos fueron navegantes portugueses en busca de una ruta hacia las Indias durante los últimos años del siglo XV, aunque se limitaron a erigir cruces de piedra en ciertos puntos de la costa como guías de navegación. No fue hasta las apresuradas competiciones para conseguir colonias hacia finales del siglo XIX cuando Namibia fue anexionada por Alemania, exceptuando el enclave de la bahía de Walvis, tomado por los británicos en 1878 para la colonia de El Cabo. En 1904, los herero, pastores de ganado vacuno de habla bantú, se rebelaron contra la dominación germana; durante dos años las tropas alemanas desencadenaron una guerra de exterminio contra este pueblo. Paralelamente, en el Sur, un trabajador surafricano había descubierto diamantes al este de Lüderitz. Las autoridades alemanas calificaron de inmediato toda la zona encajada entre Lüderitz y el río Orange como sperrgebiet (zona prohibida). El dominio alemán finalizó durante la I Guerra Mundial, cuando las fuerzas germánicas se rindieron a un ejército expedicionario surafricano que luchaba a favor de los Aliados.
Al final de la contienda, Suráfrica recibió el mandato de la Liga de las Naciones para gobernar el territorio (entonces conocido como África del Suroeste). Tras la II Guerra Mundial, Naciones Unidas renovó el mandato, pero la organización rechazó la completa anexión del país a Suráfrica. Sin echarse atrás, el gobierno surafricano reforzó el control sobre el territorio y, en 1949, concedió representación parlamentaria a la población blanca. La mayor parte de las tierras de cultivo de Namibia fueron parceladas en seis mil haciendas destinadas a los colonos blancos, mientras que los trabajadores negros y sus familias eran confinados por ley a reservas.
Los trabajos forzados, destino de la mayoría de los namibios desde la anexión, constituyó uno de los principales factores que desembocó en las manifestaciones masivas y el desarrollo del nacionalismo a finales de la década de 1950. Durante esta época se formaron diversos partidos políticos y se organizaron huelgas. Hacia 1960, la mayoría de estos partidos se había fusionado para formar la Organización Popular de África del Suroeste (SWAPO), que llevó el candente tema de la ocupación surafricana al Tribunal Internacional de Justicia.
Aunque el Tribunal de La Haya no tomó cartas en el asunto, en 1966 la Asamblea General de Naciones Unidas votó a favor de concluir el mandato surafricano y creó un consejo para administrar el territorio. Simultáneamente, la SWAPO adoptó tácticas de guerrilla, pero el fracaso de la organización para establecer un gobierno interno facilitó que Suráfrica accediera de nuevo al control del país. El invasor se negó a negociar un programa supervisado por Naciones Unidas para la independencia de Namibia a menos que un contingente de 19.000 soldados cubanos fueran expulsados de la vecina Angola. En consecuencia, la SWAPO intensificó sus actividades guerrilleras, restringiendo considerablemente los desplazamientos en el norte del país.
La economía resultó muy perjudicada y, hacia 1985, Suráfrica también sufría una crisis económica y permanecía absorta en sus propios problemas internos. Un acuerdo bajo los auspicios de Naciones Unidas garantizó que los cubanos abandonarían Angola si las tropas surafricanas se alejaban de Namibia. En noviembre de 1989 se celebraron elecciones supervisadas por Naciones Unidas; la SWAPO venció con una contundente mayoría. En febrero de 1990 se adoptó una Constitución y al mes siguiente se obtuvo la independencia bajo la presidencia de Sam Nujoma. Fue reelegido en 1994 y se embarcó en un programa de reconstrucción del país basado en el mantenimiento de una economía mixta y la colaboración con el sector privado. El presidente vinculó el dólar de Namibia al rand surafricano en marzo de 1998. Hacia finales de 1999, como parte de un pacto de defensa mutua, el gobierno consintió que Angola atacara a los rebeldes de la UNITA (Unión Nacional para la Independencia Total de Angola) desde su territorio. Fue una medida que lanzó a Namibia a una de las peores guerras civiles de África.
La reputación del gobierno sufrió un duro golpe en 2001. El presidente declaró inmorales e indeseados a los homosexuales, y el primer ministro afirmó que ya era hora de que los africanos negros aceptaran que los blancos formaban parte del continente. Aún más, se descubrió que altos cargos de las fuerzas armadas poseían intereses en las minas de diamantes de la República Democrática del Congo, en donde las fuerzas namibias luchaban contra las fuerzas rebeldes.
Aunque el presidente Nujoma apoyaba las apropiaciones de Robert Mugabe por la fuerza de granjas de blancos en Zimbabwe, el gobierno de Namibia adoptó una posición más conciliadora ante la reforma territorial, declarando que no iba a permitir las incautaciones de tierras ilegales. Se animó a los agricultores blancos a acogerse a la reforma territorial de 2002. El año siguiente, parecía que la estrategia había tenido éxito: se impidieron 15 invasiones de granjas cuando un sindicato de mozos de labranza negros llegó a un acuerdo con los agricultores blancos.