Los primeros hallazgos de población humana en Nicaragua son las huellas de Acahualinca, de 10.000 años de antigüedad. Estas pisadas, conservadas bajo capas de ceniza volcánica, pertenecen a hombres y animales que corrían en dirección al lago de Managua. Alrededor del siglo X d.C., pueblos indígenas procedentes de México emigraron a las tierras bajas del Pacífico nicaragüense. Cuando más tarde, durante el siglo XV, el pueblo azteca se trasladó hacia el Sur para crear una colonia comercial, muchos indios adoptaron su cultura.
Los primeros contactos con los europeos se produjeron en 1502, cuando Colón puso rumbo a la costa caribeña. En 1522, una misión española de exploradores alcanzó la costa sur del lago de Nicaragua; unos años más tarde, colonizaron la región, fundaron las ciudades de Granada y León, y sometieron a las tribus locales. Granada se convirtió en una ciudad colonial relativamente rica; León, sin embargo, en un semillero de liberalismo. Los habitantes de la poblada zona de Managua opusieron gran resistencia a la invasión española, consecuencia de lo cual su ciudad quedó destruida y durante los tres siglos siguientes no pasó de ser más que un pueblo.
En 1821, Nicaragua consiguió la independencia de España, siguiendo los pasos del resto de países de América Central. Durante un breve espacio de tiempo, formó parte de México; luego, de la Federación de América Central; y por último, en 1838, consiguió la independencia definitiva. Poco antes, Gran Bretaña y Estados Unidos ya habían mostrado su gran interés por Nicaragua y por el pasaje navegable del río San Juan, que conecta el lago de Nicaragua y el mar Caribe, muy importante desde el punto de vista estratégico. En el año 1848, los británicos ocuparon militarmente el puerto situado en la desembocadura del río San Juan, en la costa caribeña, y lo bautizaron con el nombre de Greytown, convirtiéndolo así en un importante punto de tránsito para multitud de personas que buscaban una ruta más rápida para llegar al oro de California.
En 1855, los liberales de la ciudad de León se aliaron con William Walker, un supuesto filibustero resuelto a invadir el territorio latinoamericano y a arrebatarle el poder a los conservadores de Granada. Walker y su banda de mercenarios tomaron la ciudad sin dificultad, y éste se proclamó presidente. Sin embargo, Walker no tardó mucho en ser expulsado del país, ya que una de sus primeras medidas fue la institucionalización de la esclavitud. A pesar de ello, siguió intentando una y otra vez invadir el territorio. Sus esfuerzos sentaron precedente para la continua interferencia de Estados Unidos en los asuntos nicaragüenses.
En 1934, el general Somoza, jefe de la Guardia Nacional entrenada por los Estados Unidos, organizó el asesinato del rebelde de la oposición liberal Augusto C. Sandino y, tras las elecciones fraudulentas celebradas en 1937, se convirtió en presidente del país. Somoza gobernó Nicaragua bajo una dictadura que se prolongó durante veinte años, en los que amasó una gigantesca fortuna personal y terrenos del tamaño de El Salvador. Aunque el general fue asesinado en 1956, sus hijos mantuvieron el régimen de la dinastía Somoza hasta 1979. Desde hacía años, en el país existía una amplia oposición al régimen somozista. A consecuencia del devastador terremoto ocurrido en 1972, y más en concreto del modo en que la ayuda internacional se desvió a los bolsillos de los Somoza mientras miles de ciudadanos sufrían y morían, esta oposición se extendió a todas las clases sociales del país. Se crearon dos grupos contrarios al régimen: el FSLN, Frente Sandinista de Liberación Nacional, cuyos miembros son conocidos como sandinistas, y el UDEL, dirigido por Pedro Joaquín Chamorro, director del periódico La Prensa, opuesto a la dictadura.
El asesinato de Chamorro en 1978 tuvo como consecuencia el levantamiento violento de la población, que se declaró en huelga general. La revuelta se expandió, y los que hasta el momento habían mantenido una postura moderada se unieron al FSLN para derrocar el régimen de Somoza. El 19 de julio de 1979, los sandinistas desfilaron victoriosos por la ciudad de Managua; pero habían heredado un país indigente, con un alto índice de ciudadanos sin hogar, una elevada tasa de analfabetismo y un sistema sanitario insuficiente. El nuevo gobierno nacionalizó las tierras de los Somoza y creó cooperativas agrarias. Además, lanzó una campaña masiva de educación que redujo el analfabetismo del 50% al 13% y un programa de inmunización que acabó con la polio y disminuyó la mortandad infantil a un tercio del índice que existía antes de la revolución.
No había pasado mucho tiempo cuando Nicaragua volvió a tener graves problemas con su “buen vecino” del Norte. El gobierno de Estados Unidos, que había apoyado al régimen de los Somozas hasta el final, estaba preocupado de que el proceso en Nicaragua sentara un peligroso precedente en la región. A lo que el gobierno de Estados Unidos se oponía era al éxito de la revolución popular. Tres meses después de que Ronald Reagan jurara su cargo en 1981, Estados Unidos anunció que iba a suspender la ayuda a Nicaragua y a destinar diez millones de dólares a la organización de grupos contrarrevolucionarios, conocidos como “contras”. En respuesta a tal declaración, los sandinistas destinaron gran parte de sus recursos nacionales a defenderse de esta rebelión apoyada con fondos estadounidenses.
En las elecciones generales celebradas en 1984, Daniel Ortega, líder de los sandinistas, obtuvo el 67% de los votos; sin embargo, esto no contribuyó a que Estados Unidos detuviera sus ataques contra Nicaragua. En 1985, el gobierno estadounidense le impuso al país un embargo comercial que se prolongó durante cinco años y acabó estrangulando a la economía nicaragüense. En esta época, ya era conocido por todos que Estados Unidos estaba financiando a la “contra”, un hecho a menudo encubierto por la CIA. El Congreso estadounidense aprobó una serie de proyectos de ley que exigían el fin de la financiación. Sin embargo, el apoyo de Estados Unidos a la “contra” continuó en secreto, hasta que el escándalo Irangate reveló que la CIA había vendido ilegalmente armas a Irán a precios excesivos y había utilizado los beneficios para financiar a la “contra”.
En 1990 se volvieron a celebrar elecciones generales; éstas dieron la victoria a Violeta Chamorro, líder del partido de la oposición Unión Nacional Opositora (UNO) y viuda de Pedro Chamorro, director del diario La Prensa, que había sido asesinado. Su gobierno resultó incapaz de reactivar la economía, lo que, unido a la creciente dependencia del apoyo sandinista, dio lugar a la amenaza de Estados Unidos de retirarle su ayuda. No obstante, al menos la guerra civil había finalizado. En octubre de 1996, Daniel Ortega se presentaba a la presidencia del país, se disculpaba por los “excesos” sandinistas y se definía como político del centro. Sin embargo, quien se alzó con la victoria fue el ex alcalde de Managua, el candidato anticomunista del partido Alianza Liberal Arnoldo Alemán, que juró su cargo el 10 de enero de 1997.
En noviembre de 1998, el huracán Mitch arrasó la costa de América Central, dejando a su paso nada más que desolación. El huracán, único en su especie, barrió los países de Costa Rica, Guatemala, El Salvador, Honduras, Jamaica, México, Nicaragua y Panamá, provocó deslizamientos de barro e inundaciones, y destruyó carreteras y puentes en toda la región. En Nicaragua, las fuertes lluvias que siguieron a la tormenta originaron un deslizamiento de barro en el volcán Casita que sepultó varios pueblos. El huracán Mitch, uno de los más devastadores del siglo, se cobró la vida de unas cien mil personas. La tragedia llevó a muchos países a cancelar, a finales de 1999, la deuda exterior de Nicaragua. Actualmente, el país se reconstruye poco a poco.
En las elecciones locales del año 2000, los sandinistas obtuvieron el control en 11 de las 17 capitales de departamento. En Managua, el miembro del popular FSLN, Herty Lewites, se hizo fácilmente con la victoria. Estos hechos parecen ir allanando el camino para una nueva victoria del candidato Ortega a la presidencia en las elecciones de noviembre de 2001. Sin embargo, el candidato del Partido Liberal Enrique Bolaños se proclamó vencedor en las elecciones presidenciales de 2001 tras derrotar a su opositor sandinista, el anterior presidente del país, Daniel Ortega. A pesar de los resultados, los sandinistas volvieron a elegir a Ortega líder del partido en marzo de 2002. Bolaños tomó el compromiso de sanear el corrupto gobierno del país, una política que para muchos era incompatible con su partido. Fiel a su palabra, Bolaños tomó una postura agresiva y, a pesar de la escisión que provocó, convenció a la asamblea para que despojase a Alemán de toda inmunidad diplomática. Alemán fue sentenciado a 20 años de cárcel en 2003. Cuando el Banco Mundial anunció que perdonaba a Nicaragua las cuatro quintas partes de la deuda externa, el presidente declaró que era la mejor noticia que había tenido el país en el último cuarto de siglo.