La historia más remota de los Países Bajos está vinculada a Bélgica y Luxemburgo; hasta el siglo XVI, se conocía a los tres países como Países Bajos, fecha en la cual se fijaron sus actuales límites. En un principio, la tierra estuvo habitada por grupos tribales: los bátavos germanos drenaban los lagos salados, mientras que los frisios vivían amontonados en el lejano Norte.
A finales del siglo XVI, las provincias norteñas, habitadas por conversos al protestantismo, se unieron para luchar contra los gobernantes católicos españoles. Felipe II de España envió a la Inquisición para reforzar el catolicismo, y en 1568 estalló la guerra. La revuelta de los Países Bajos estuvo guiada por el príncipe Guillermo de Orange, apodado Guillermo el Taciturno por su reticencia a discutir sobre cuestiones religiosas. Después de ochenta años de conflicto, Holanda y sus provincias aliadas expulsaron a los españoles en 1648; entonces se denominó Holanda al nuevo país independiente que surgió en este rincón de Europa (algo similar a lo que ocurre cuando se utiliza el término Inglaterra para referirse a Gran Bretaña).
Ámsterdam brilló en Europa durante el período más glorioso de Holanda, la Edad Dorada, de 1580 a 1740; tras esta época los británicos comenzaron a dominar los mares del mundo. La riqueza de la época procedía de la Compañía Holandesa de las Indias Orientales, que enviaba barcos al Extremo Oriente en busca de especias y demás productos exóticos mientras colonizaba el Cabo de Buena Esperanza, Indonesia, Surinam, las Antillas y Nueva Ámsterdam (la actual Nueva York), estableciendo puntos comerciales en Asia.
A su vez, la burguesía de Ámsterdam se construía magníficos edificios con el tejado a dos aguas y bordeando los canales. Esta época de esplendor estimuló las artes y encumbró a pintores como Rembrandt. En 1795 llegaron los franceses, y Napoleón nombró rey a su hermano pequeño, Luis. Cuando finalizó la ocupación francesa, tremendamente impopular, nació el Reino Unido de los Países Bajos, que incorporaba Bélgica y Luxemburgo. El primer rey, Guillermo I de Orange, fue coronado en 1814; la Casa de Orange sigue gobernando en la actualidad. En 1830, los belgas se revelaron y alcanzaron su independencia; poco después, Luxemburgo haría lo mismo.
Los Países Bajos se mantuvieron neutrales durante la I Guerra Mundial, pero no en la segunda. El ejército alemán invadió el territorio en mayo de 1940, arrasando la mayor parte de Rotterdam en un bombardeo. Aunque se formó un potente movimiento de resistencia neerlandés, sólo una pequeña minoría de la importante comunidad judía del país sobrevivió a la guerra. En 1949, pese a los intentos militares por conservar Indonesia, la colonia consiguió la independencia; le siguió Surinam, en 1975, con una consensuada transferencia de soberanía. Las Antillas neerlandesas, cercanas a la costa venezolana, permanecen como colonia, pero gozan de un gobierno autónomo. Los Países Bajos son unos leales partidarios de la Unión Europea; la mayoría de los neerlandeses suscriben la idea de una mayor integración.
En 2001, se aprobó el matrimonio homosexual y se legalizó la eutanasia, confirmándose así el carácter liberal y progresista de este país en lo referente a asuntos sociales. En 2002, la tolerancia y la paz habitual de los Países Bajos se vio sacudida por el asesinato del político ultraderechista Pim Fortuyn. Poco después, el recientemente elegido gobierno de coalición fracasó (incluyendo el partido de Fortuyn). En las elecciones de 2003, tuvo lugar una gran participación del electorado que propició la mayoría relativa al Partido Demócrata Cristiano (CDA). El partido de Pim Fortuyn quedó relegado a sólo ocho escaños, aunque la inmigración continúa siendo un tema candente en la agenda política nacional.