La llegada de los eslavos durante los siglos V y VI representó el principio de la historia del pueblo checo. Los ávaros atacaron el territorio y se mantuvieron en la zona hasta su derrota ante el príncipe franco Samo, que constituyó el efímero Gran Imperio Moravo (830-906 d.C.), uniendo el oeste de Eslovaquia, Bohemia, Silesia y zonas del este de Alemania, del sureste de Polonia y del norte de Hungría. Hacia finales del siglo IX los checos constituyeron el segundo imperio eslavo que, junto a las regiones polacas del Vístula y la Panonia húngara, formó la Gran Moravia; en esta misma época se introdujo el cristianismo.
El príncipe Borivoj fundó el castillo de Praga en la década de 870, y se convirtió en el principal asentamiento de la dinastía premíslida, si bien ésta fracasó a la hora de unir a las belicosas tribus checas hasta el año 993. En 950, el rey alemán Otón I conquistó Bohemia y la incorporó al Sacro Imperio Romano Germánico. En 1212, el Papa garantizó al príncipe Premysl Otakar I el derecho a gobernar como rey, pero a pesar de que su hijo y sucesor Otakar II reclamó los títulos de emperador y de rey, la corona imperial recayó en Carlos IV; de esta manera, la poderosa autoridad de los Luxemburgo trajo consigo una época de esplendor. Praga se convirtió entonces en una de las ciudades más importantes de Europa y se enriqueció con espléndidos monumentos góticos.
Entre finales del siglo XIV y principios del XV surgió la revolución husita, un influyente movimiento reformista de la iglesia que estuvo capitaneado por el checo Jan Zizka bajo la influencia de las enseñanzas de Jan Hus. Este reformador religioso y escritor, en su lucha contra la simonía y los abusos de la jerarquía, fue condenado por herejía y quemado vivo. La propagación de los husitas amenazó el poder católico en toda Europa y en 1420, las fuerzas revolucionarias defendieron con éxito Praga contra la primera de las cruzadas promovidas por el Papa. Aunque se enfrentaban con un enemigo más potente y mejor equipado, los husitas protagonizaron repetidas ofensivas e incursiones en Alemania, Polonia y Austria.
En 1526, el reino pasó a manos de la dinastía católica de los Habsburgo. En mayo de 1618 la nobleza bohemia protestó contra el fracaso de la casa real en concretar sus promesas de tolerancia religiosa y contra la pérdida de sus privilegios lanzando a dos consejeros Habsburgo desde una de las ventanas superiores del castillo de Praga; esta famosa defenestración desencadenó la guerra de los Treinta Años. El pueblo checo perdió sus derechos y propiedades y además vio peligrar su identidad nacional a través de la imposición de una monarquía absolutista y católica, con capital en Viena.
En el siglo XIX, Bohemia y Moravia registraron las primeras manifestaciones nacionalistas. Las tierras checas se sumaron a las revoluciones de 1848 que barrieron Europa y Praga fue la primera ciudad del imperio austro-húngaro que se alzó en favor de la reforma. El sueño de un estado independiente se convirtió en realidad durante la I Guerra Mundial; la República de Checoslovaquia, formada por la unión de checos y eslovacos, se proclamó en Praga en octubre de 1918. Inicialmente, experimentó un importante auge industrial; no obstante, la crisis mundial de 1929 y el centralismo checo generaron los llamamientos en pro de la autonomía eslovaca.
A esta inestabilidad interna se sumaron los brotes de agitación de gran parte de los tres millones de alemanes de Bohemia para unirse al poder nazi. En 1938 Hitler se anexionó los Sudetes en el infamante acuerdo en Munich; el país se dividió y Eslovaquia se convirtió en un estado satélite del Reich mientras los checos se preparaban para la guerra. Aunque Bohemia y Moravia sufrieron mínimos daños materiales durante la contienda, muchos intelectuales checos fueron ejecutados y los alemanes lograron eliminar la mayor parte de la resistencia. Decenas de millares de judíos checos y eslovacos perecieron en los campos de concentración. Pero, el 5 de mayo de 1945, la población de Praga se levantó contra las fuerzas alemanas mientras el Ejército Rojo se acercaba desde el este. Finalmente, los alemanes iniciaron su retirada el 8 de mayo. De este modo, la capital había sido liberada en su mayor parte antes de que las fuerzas soviéticas llegaran al día siguiente.
Checoslovaquia volvió a integrar un estado independiente bajo la órbita de la Unión Soviética. Los intentos de consolidar su identidad cultural -y castigar a sus antiguos opresores- comportaron deportaciones a gran escala de habitantes alemanes y húngaros. En las elecciones de 1946 los comunistas se convirtieron en el partido más votado, con el 36 por ciento de los sufragios. La década de 1950 fue una época de dura represión y decadencia, mientras la política económica del Partido Comunista llevaba prácticamente al país a la bancarrota. Muchas personas fueron encarceladas, ejecutadas o llevadas a campos de trabajo, a menudo por sus convicciones políticas. En los años sesenta, Checoslovaquia disfrutó de una progresiva liberalización. El antiguo líder del partido eslovaco Alexander Dubcek, nuevo presidente, encarnó el deseo popular de alcanzar la democracia plena y erradicar la censura; esta apertura se denominó socialismo con rostro humano e internacionalmente se conoce como la Primavera de Praga de 1968. Los líderes soviéticos, incapaces de asimilar la idea de una sociedad democrática dentro del bloque comunista, aplastaron la efímera iniciativa con la invasión de las tropas del Pacto de Varsovia en la noche del 20 al 21 de agosto, y que tuvo como resultado 58 fallecidos. En 1969, Dubcek fue reemplazado y deportado al departamento de bosques de Eslovaquia, y cerca de catorce mil funcionarios del Partido Comunista, así como quinientos mil de sus miembros que se negaron a renunciar a sus ideales aperturistas, fueron expulsados del mismo y perdieron sus empleos. El totalitarismo había vuelto a implantarse, encarcelando a los disidentes.
El régimen controló la situación tras la caída del muro de Berlín, el 9 de noviembre de 1989. Pero ocho días más tarde las cosas cambiaron. La juventud comunista de Praga organizó una manifestación en memoria de nueve estudiantes ejecutados por los nazis en 1939. Una multitud pacífica de 50.000 personas resultó acorralada por las fuerzas del orden, y unos quinientos participantes fueron golpeados y cien arrestados. Al día siguiente se produjeron constantes manifestaciones, y los líderes de la disidencia, con Václav Havel a la cabeza, formaron una coalición que negoció la dimisión de las autoridades el 3 de diciembre. Se constituyó un gobierno de entendimiento nacional, con los comunistas en minoría. Havel fue elegido presidente de la República el 29 de diciembre y Alexander Dubcek, nombrado portavoz de la Asamblea Nacional. Los días que sucedieron a la manifestación del 17 de noviembre se conocen como la Revolución de Terciopelo, pues en ella no hubo víctimas. En septiembre de 1992, Dubcek tuvo un serio accidente de automóvil cerca de Praga, y el 7 de noviembre moría a consecuencia de las heridas. Quienes creen que se trató de una conspiración no han dejado de formular teorías desde entonces.
Las voces que defendían la autonomía de Eslovaquia fueron creciendo cada vez más, y una minoría elocuente exigía la independencia. Finalmente, los primeros ministros de ambas repúblicas y otros líderes políticos decidieron que la mejor solución era su separación. Muchas personas, incluyendo al presidente Havel, solicitaron un referéndum, aunque ni siquiera una petición firmada por un millón de checoslovacos bastó para que el parlamento federal hallara un método resolutivo. Al fin, Havel dimitió; de esta forma, el 1 de enero de 1993, Checoslovaquia dejaba de existir por segunda vez en el siglo XX. Praga se convirtió en la capital de la nueva República Checa, y Havel fue elegido su primer presidente.
En 2003, Václav Havel finalizó su mandato y Václav Klaus asumió la presidencia de la República.
Gracias a la severa política económica, la eclosión del turismo y una base industrial sólida, el nuevo país está viviendo una importante recuperación. El desempleo es casi nulo, las tiendas están llenas y muchas ciudades están efectuando restauraciones para embellecerse. Sin embargo, el cuadro no es perfecto: existe una aguda escasez en la disponibilidad de viviendas, una criminalidad creciente, una severa polución y un sistema sanitario deteriorado. Pese a todo, la recién fundada democracia y su radical transformación económica parecen funcionar.