Hasta el siglo XVII, las Seychelles estuvieron deshabitadas. En 1609, un barco británico procedente de las indias orientales divisó tierra y, en los años siguientes, multitud de piratas trasladaron sus actividades desde el Caribe hasta el océano Índico y emplearon las islas como base de operaciones.
En 1742, el gobernador de isla Mauricio, Mahé de la Boudonnais, envió una embarcación para explorar las islas. El capitán del barco, Picault, dio el nombre de su gobernador a la isla principal y preparó el terreno para que los franceses reclamaran las islas doce años después. En 1770, llegaron los primeros grupos de colonizadores franceses y de esclavos, que iniciaron el cultivo de especias, mandioca, caña de azúcar, café, boniatos y maíz, y la cría de la tortuga gigante.
A finales del siglo XVIII, las islas se habían convertido en un emplazamiento privilegiado y los británicos se interesaron por ellas. El gobernador de la época, De Quinssy, arrió la bandera y se rindió cuando el ataque parecía inminente, pero los británicos pasaron de largo y De Quinssy volvió a izarla. Esto sucedió doce veces hasta 1814, el momento en que Gran Bretaña asumió el control de las Seychelles tras las Guerras Napoleónicas. Como hecho más destacado, con el gobierno británico se produjo un aumento en el número de esclavos y prisioneros políticos de clase alta. Con todo, el francés siguió siendo el idioma más importante y la cultura francesa sobrevivió.
En 1964 se formaron los primeros partidos políticos de las islas: France Albert René formó el Partido de Unidad Popular de las Seychelles, mientras que James Mancham lideró el Partido Democrático de las Seychelles. El SDP, el partido de los colonos y hombres de negocios, resultó vencedor en las elecciones de 1966 y 1970 y derrotó a los socialistas del SPUP. El 1976, el país obtuvo la independencia y ambos partidos formaron una coalición para gobernar el territorio: Sir Jim fue proclamado presidente y René, primer ministro. Sir Jim se propuso convertir a las Seychelles en el destino de lujo por excelencia: trabajó para captar a la alta sociedad que frecuentaba los centros turísticos y la gente más acaudalada no tardó en acudir de manera masiva para celebrar interminables fiestas. Sin embargo, al primer ministro le preocupaba que no revirtiera suficiente riqueza en la clase trabajadora, así que, el 5 de junio de 1977, René llevó a cabo un golpe de Estado casi incruento y apuntaló su poder recién asumido desembarcando soldados de Tanzania y Corea del Norte.
En 1981, un grupo de mercenarios surafricanos trató de invadir el país, pero fueron descubiertos en el aeropuerto, donde mataron a dos personas y secuestraron un avión para regresar a su país de origen. René declaró ilegales al SDP y sus seguidores, que organizaron movimientos de resistencia en el Reino Unido, Suráfrica y Australia. El sector turístico generaba cada vez menos ingresos, al tiempo que ganaba fuerza una campaña de bombardeos y asesinatos, así como un intento aislado de golpe de estado.
En diciembre de 1991 René sorprendió a sus opositores (y es muy probable que también a sus propios seguidores) al legalizar los partidos de la oposición, tal vez como respuesta a las presiones de los principales aliados económicos del país. En 1992 se celebraron elecciones con observadores de la Commonwealth y René apenas alcanzó una escasa mayoría. Manchan, protegido por los cuerpos especiales de seguridad, consiguió un tercio de los votos y aseguró que las elecciones habían sido un fraude. Se aplicó una nueva constitución para apuntalar el nuevo sistema multipartidista y, en las elecciones de 1993 y 1998, René resultó vencedor una vez más. Su última victoria electoral en 2001 llevó al líder de la oposición, Wavel Ramkalawan, a rechazar el resultado y a acusar al gobierno de corrupción y de intimidación a los votantes.
La crisis monetaria de 1993 predecía los problemas económicos que dominarían el resto de la década. Los beneficios generados por el turismo eran elevados pero no generaron los mismos ingresos que en épocas anteriores, a pesar de las inversiones realizadas en Malasia. La presión fiscal impuesta por la globalización y por las políticas neoliberales conllevó un gran desgaste para el estado de bienestar y también la devaluación de la moneda. El gobierno trató de redireccionar la economía del estado convirtiendo las Seychelles en un paraíso fiscal, y permitiendo así el registro de unas 4000 compañías en el país.
En las elecciones de 2002 ganó otra vez el partido de René, aunque el partido opositor (Partido Nacional de las Seychelles) ganó representación. Finalmente, en abril 2004 René renunció y el vice-presidente James Michel asumió su cargo.
En diciembre de 2004, las islas Seychelles sufrieron el azote del tsunami que asoló el océano índico. El resultado fueron pérdidas millonarias y numerosos daños materiales, aunque hubo muy pocas víctimas mortales.