Los primeros habitantes de la región fueron una tribu celta, los helvecios. Los romanos aparecieron en escena en el año 107 a.C., a través del puerto de montaña de San Bernardo pero, debido a la dificultad del terreno, su conquista nunca llegó a ser total. Fueron expulsados gradualmente por la tribu germánica de los alamanes, que se estableció en la zona en el siglo V. El territorio quedó unificado bajo el Sacro Imperio Romano Germánico en 1032, pero el control central nunca resultó excesivamente estricto. Todo cambió con el dominio de la familia germánica de los Habsburgo, que se convirtió en la dinastía más poderosa de Europa Central. La expansión de esta casa real la encabezó Rodolfo I, que gradualmente fue sometiendo a los nobles.
Después de la muerte del emperador, en 1291, los líderes locales contemplaron la circunstancia como una oportunidad para incrementar su independencia. En su pacto de mutua asistencia se ha querido ver el origen de la Confederación Helvética. Sus disputas contra los Habsburgo están idealizadas en la leyenda local de Guillermo Tell. Animados por sus tempranos éxitos, los suizos adquirieron conciencia de su propia expansión territorial y en 1499 obtuvieron la independencia del emperador Maximiliano I. Tras una serie de victorias militares, acabaron venciendo a sus enemigos gracias a la ayuda de una fuerza combinada de franceses y venecianos en 1515. Al advertir que no podrían luchar durante mucho tiempo contra potencias más fuertes y mejor equipadas, renunciaron a su política expansionista y declararon su neutralidad.
La Reforma (siglo XVI) provocó convulsiones en toda Europa. Las enseñanzas protestantes de Lutero, Zuinglio y Calvino se extendieron con rapidez, aunque la Suiza central permaneció católica. Mientras el resto del continente luchaba en la Guerra de los Treinta Años, los suizos cerraron filas y se mantuvieron ajenos a la contienda. Al finalizar la guerra, en 1648, se les reconoció como un estado neutral en virtud del Tratado de Westfalia. Francia invadió Suiza en 1798 y estableció la República Helvética. Pero los suizos expulsaron a Napoleón después de su derrota contra los ejércitos británico y prusiano en Waterloo. En 1815 el Congreso de Viena garantizó la independencia y la permanente neutralidad de Suiza.
En 1848 se aprobó una nueva constitución federal que en la actualidad, y en gran medida, se mantiene en vigor. La capitalidad se estableció en Berna, mientras se formaba una asamblea federal para cubrir las cuestiones nacionales. Suiza priorizaba ya los aspectos económicos y sociales; desarrolló industrias basadas fundamentalmente en mano de obra altamente cualificada, se construyeron redes viarias y ferroviarias que permitieron el acceso a regiones alpinas anteriormente inaccesibles, y contribuyeron al desarrollo del turismo. La Cruz Roja internacional se fundó en Ginebra en 1863, al tiempo que se introducía la enseñanza gratuita obligatoria.
Los suizos han mantenido celosamente la neutralidad durante el siglo XX. Su única implicación en la I Guerra Mundial se centró en la organización de las unidades de la Cruz Roja. En la II Guerra Mundial, Suiza desempeñó un papel más tendencioso como sumiso saneador de dinero para la Alemania nazi. El antisemitismo suizo conllevó acciones como el cierre de las fronteras a los refugiados judíos y la repatriación forzosa de muchos de los que escaparon de la Europa ocupada por los nazis, a pesar de conocer de antemano el destino que les esperaba. Mientras que el resto de Europa padecía el doloroso proceso de reconstrucción después de los desastres de la guerra, Suiza estaba capacitada para expandirse por medio de una poderosa base comercial, financiera e industrial. Zurich se desarrolló como centro internacional banquero y de seguros, y muchos organismos internacionales, como la Organización Mundial de la Salud (OMS), establecieron su cuartel general en Ginebra.
Ante el temor de que su neutralidad se viera comprometida, Suiza declinó su pertenencia como miembro de la ONU (de la que poseía un estatuto de observador) o de la OTAN. Sí se unió, en cambio, a la EFTA (Asociación para el Libre Comercio en Europa). En 1992 presentó su solicitud de entrada a la Unión Europea, y como preludio a su integración plena debía unirse a la EEA (Zona Económica Europea). Pero la estrategia del gobierno fracasó cuando, en el referéndum de diciembre de 1992, los ciudadanos votaron en contra de la entrada: la solicitud para integrarse en la UE quedó congelada. En la actualidad, el gobierno está emprendiendo un trabajo de base para conseguir una interacción más estrecha con el resto de Europa. En 1998 Suiza aceptó pagar 1.200 millones de dólares como compensación a familiares de las víctimas del holocausto, cuyos fondos estaban depositados en bancos suizos.
En 2003, gana las elecciones un partido de extremaderecha. Así, el Partido Popular Suizo destrona a los partido burgueses que habían gobernado durante años.